Решается перезагрузкой :)
Я использую арх линукс.
Я запускаю Spring Batch Job в приложении Task SCDF (Spring Cloud Dataflow). Все приложения SCDF работают как микросервисы внутри док-контейнеров. Я начал их с docker-compose. Я начал получать Nullpointer Exception в FaultTolerantChunkProcessor.java даже при возврате к предыдущей рабочей версии моего кода.
Я тем временем обновил свою систему...
... когда я перезапустил, все снова работало нормально.
Я подозреваю, что это было связано с тем, как докер взаимодействует с моей ОС.