Как установить и запустить Cytoscape v3.8.0 на OSX не запускается

У меня проблема с последней версией Cytoscape 3.8.0. Она не запускается. Я вижу только логотип и ничего. Компьютер работает под управлением OSX 10.13.6. Я успешно использую версию Cytoscape 3.7.2, но хочу ее обновить. Когда я запустил скрипт mac.sh, я получил следующее:

Target Cytoscape version: 3.8.0

Ваша оболочка - bash Обнаружена совместимая версия ОС: 10.13

  • Пройдено: Версия ОС = 10.13.6
  • Пройдено: после Oracle JDK найдено:

/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-11.0.7.jdk Ошибка: Java недоступна. Попробуйте переустановить Java 11.

Я могу подтвердить, что java на месте / Library / Java / JavaVirtualMachines и версии jdk-11.0.7.jdk jdk-12.0.2.jdk jdk-14.0.1.jdk

Полагаю, что версии 37 и 38 работают с java 11? Я переустановил java 11 с теми же результатами, что и раньше. Версия 38 не запускается. Когда я пытаюсь запустить версию 38 с терминала с cytoscape.sh, я получаю длинное сообщение об ошибке, которое начинается с:

Unable to find any JVMs matching version "1.8".

karaf.base: /Applications/Cytoscape_v3.8.0/framework JAVA_HOME: null ОШИБКА: Ошибка синтаксического анализа оператора экспорта системного пакета: org.osgi.dto; version = 1.0, org.osgi.resource; version = 1.0, org.osgi.resource. dto; version = 1.0 ... При необходимости я могу вставить все сообщение об ошибке.

Есть идеи, что мне делать? Спасибо.


macos java-11 cytoscape
person Mihailo    schedule 20.06.2020    source источник

Ответы (2)


arrow_upward
1
arrow_downward

Cytoscape 3.7.x требует Java 8. Cytoscape 3.8.0 требует Java 11. Похоже, ваш домашний каталог java неверен. Если вы это сделаете:

/usr/libexec/java_home

он должен указывать на вашу установку java 11. На моем Mac написано:

/Library/Java/JavaVirtualMachines/adoptopenjdk-11.jdk/Contents/Home

Обратите внимание, что / Contents / Home важен. Чтобы установить ваш фактический JAVA_HOME, выполните

export JAVA_HOME=`/usr/libexec/java_home -v 11`
person Scooter Morris    schedule 25.06.2020

arrow_upward
0
arrow_downward

У меня была такая же проблема. То, что упомянул Скутер Моррис, правильно, но мне пришлось следовать дополнительная ссылка на переполнение стека, чтобы исправить это.

Это именно то, что я сделал: В моем случае мне пришлось запустить: /usr/libexec/java_home -V, чтобы увидеть виртуальные машины Java, которые я установил, и указать V 11, используя:

export JAVA_HOME=`/usr/libexec/java_home -v 11.0.7`

Затем запуск команды ./mac.sh сообщает мне, что все прошло проверку, и Cytoscape наконец-то может работать :)

Изменить: я должен добавить, что я могу запустить cytoscape, только запустив его с терминала через:

cd /Applications/Cytoscape_v3.8.0
./cytoscape.sh

Щелчок по значку приложения приводит только к сбою приложения при загрузке, но, похоже, он нормально работает, запустив его из сценария. У меня нет этой проблемы в Mac OS 10.14, поэтому, возможно, это проблема с версией программного обеспечения или какое-то фоновое приложение на моем компьютере мешает запуску приложения в обычном режиме.

person Wealthy Oil Tycoon    schedule 28.08.2020