Использование сортировки дендрограмм по тепловой карте в pheatmap

Есть ли способ использовать метод кластеризации дендрограмм, используемый в пакете heatmaply, и применить его к тепловой карте, созданной пакетом pheatmap? В основном противоположное тому, о чем здесь спрашивали: Кластеризация в пакетах pheatmap и heatmaply R

Я обычно вижу лучшую кластеризацию моих данных, когда использую heatmaply вместо pheatmap. Однако я не всегда хочу использовать интерактивный сюжет. Функция heatmaply::ggheatmap у меня не работает должным образом, так как у меня есть col_side_colors, и аннотация мешает дендрограмме. Это просто выглядит очень неаккуратно. Поэтому вместо этого я использую pheatmap.

Может кто поможет с моим вопросом. Спасибо!


r hierarchical-clustering pheatmap heatmaply
person jpquast    schedule 15.07.2020    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
1
arrow_downward 

library(pheatmap)
library(heatmaply)
library(seriation)
library(dendextend)

# A dataset    
x <- scale(mtcars)

# Interactive heatmap
p <- heatmaply(x)
print(p)

# The dendrogram for rows
dst <- dist(x)
hc_row <- hclust(dst)
row_dend <- as.dendrogram(hc_row)
row_dend <- seriate_dendrogram(row_dend, dst, method="OLO")

# The dendrogram for columns
dst <- dist(t(x))
hc_row <- hclust(dst)
col_dend <- as.dendrogram(hc_row)
col_dend <- seriate_dendrogram(col_dend, dst, method="OLO")
col_dend <- rotate(col_dend, order = rev(labels(dst)[get_order(as.hclust(col_dend))]))

# The pheatmap with the same clustering of heatmaply
pheatmap(x, cluster_rows=as.hclust(row_dend), cluster_cols=as.hclust(col_dend))

Вывод heatmaply введите описание изображения здесь

и вывод pheatmap введите описание изображения здесь

person Marco Sandri    schedule 15.07.2020