tidyr :: pivot_longer придумывает: Ошибка: не удается объединить `TSPAN6` ‹character› и` MT-CO2` ‹double›

Я пытаюсь использовать функцию pivot_longer, чтобы преобразовать длинную строку идентификаторов генов в более длинный столбец. Я использую следующий код:

file1 <- file1 %>%
  tidyr::pivot_longer(cols = -Gene.ID, names_to = "tissue", values_to = "counts")

и я получаю следующую ошибку:

Error: Can't combine `TSPAN6` <character> and `MT-CO2` <double>.

Я думаю, мне нужно установить значение по умолчанию для столбцов как символы, но я не уверен, как это сделать, не влияя при этом на значения в столбце. Любые идеи приветствуются!


r dplyr tidyr
person British Bioinformatician    schedule 29.10.2020    source источник
comment
Превратите столбец в символ, а затем получите данные в длинном формате. file1 %>%mutate(`MT-CO2` = as.character(`MT-CO2`)) %>%tidyr::pivot_longer(......)   -  person Ronak Shah    schedule 29.10.2020
comment
Спасибо за ваш ответ, я думаю, что в этих данных есть несколько столбцов, которые имеют одну и ту же проблему, и для их редактирования может потребоваться время. Есть ли способ изменить всю строку имен генов на символ по умолчанию?   -  person British Bioinformatician    schedule 29.10.2020
comment
Чтобы преобразовать все столбцы в символы, попробуйте file1 %>%mutate_all(as.character) %>%tidyr::pivot_longer(......)   -  person Ronak Shah    schedule 29.10.2020
comment
Это заняло слишком много времени, поэтому я думаю, что он делает весь файл   -  person British Bioinformatician    schedule 29.10.2020
comment
Пожалуйста, добавьте данные, используя dput или что-нибудь, что мы можем скопировать и использовать. Прочтите о как задать хороший вопрос и как привести воспроизводимый пример.   -  person Ronak Shah    schedule 29.10.2020
comment
Я пытаюсь создать таблицу, но файл большой, и я изо всех сил пытаюсь преобразовать его в читаемый формат.   -  person British Bioinformatician    schedule 29.10.2020
comment
Если вы знаете, как поделиться файлом, я мог бы это сделать?   -  person British Bioinformatician    schedule 29.10.2020
comment
Предоставьте пример данных: dput(head(mydata))   -  person zx8754    schedule 29.10.2020
comment
У меня ряды около 10 000 в длину, так что голова просто заморозит мой ноутбук.   -  person British Bioinformatician    schedule 29.10.2020
comment
Тогда можешь хоть str(mydata) показать?   -  person ekoam    schedule 29.10.2020
comment
.. AC018529.3 = col_character (), .. AL049776.1 = col_character (), .. Z82170.1 = col_character (), .. AC105114.1 = col_character (), .. AP000542.2 = col_character (), .. AL513497.1 = col_character (), .. AC135584.1 = col_character (), .. AC135068.4 = col_character (), .. AC005915.1 = col_character (), .. AL118508.4 = col_character (), .. ENSG00000279448 = col_character (), .. AC006277.1 = col_character (), .. Z99129.4 = col_character (), .. AP003499.3 = col_character ()   -  person British Bioinformatician    schedule 29.10.2020
comment
Это часть моей строки, но это продолжается какое-то время   -  person British Bioinformatician    schedule 29.10.2020

Ответы (1)


arrow_upward
0
arrow_downward

У меня есть с чем работать:

file1[, ] <- sapply(file1[, ], as.character)
person British Bioinformatician    schedule 29.10.2020