99 бутылок пива на Прологе

Он всегда будет повторяться, поскольку первое правило никогда не говорит, что X должно быть больше единицы. Таким образом, вы исправляете это с помощью:

bottles(X) :-
    X > 1,  %% ← check that X is greater than one.
    write(X), write(' bottles of beer on the wall,'), nl,
    write(X), write(' bottles of beer,'), nl,
    write('Take one down, and pass it around,'), nl,
    X1 is X - 1,
    write(X1), write(' bottles of beer on the wall.'), nl,
    bottles(X1).
bottles(1) :-
    write('1 bottle of beer on the wall, 1 bottle of beer,'), nl,
    write('Take one down, and pass it around,'), nl,
    write('Now they are alle gone.'), nl.