Нужны некоторые идеи: как написать прото-файл для сериализации класса Java POJO, содержащего JSONObject в качестве атрибута с сериализацией Protobuf. JSON у нас плавный (ключи постоянно меняются).
Образец:
public class POJO {
private String atr1;
private long atr2;
private Map<String, String> atr3;
private JSONObject atr4;
}