Я пытаюсь запустить OpenFOAM в кластере AWS EC2, используя AWS parallelCluster.
Одна из возможностей — скомпилировать OpenFOAM. Другой — использовать контейнер докеров. Я пытаюсь заставить работать второй вариант.
Однако у меня возникают проблемы с пониманием того, как мне организовать различные операции. В основном то, что мне нужно, это:
- скопируйте кейс OpenFOAM из S3 в файловую систему FSx на главном узле
- запустите док-контейнер, содержащий OpenFOAM
- Выполнение операций OpenFOAM, некоторые из которых используют кластер (наиболее важным является параллельное выполнение вычислений)
Я хочу поместить все это в сценарии, чтобы сделать их воспроизводимыми. Но мне интересно, как мне структурировать сценарии вместе, чтобы SLURM обрабатывал параллельную сторону вещей.
Моя проблема на данный момент заключается в том, что оболочка главного узла знает команду, например. sbatch, но когда я запускаю докер для доступа к команде OpenFOAM, он забывает команды sbatch.
Как я могу легко экспортировать все команды, связанные с SLURM (sbatch, ...), в докер? Это правильный способ справиться с проблемой?
Спасибо за поддержку
