Ошибка сегментации с использованием FFTW

У меня есть довольно интересная программа, которая использует собственный алгоритм БПФ. Недавно я решил попробовать использовать FFTW для повышения производительности. В качестве простого теста, чтобы убедиться, что FFTW будет связан и запущен, я добавил следующий код в начало приложения, однако при запуске я получаю ошибку сегментации при создании fftwf_plan:

const size_t size = 1024;
vector<complex<float> > data(size);
for(size_t i = 0; i < size; ++i) data[i] = complex<float>(i, -i);

fftwf_plan plan =
    fftwf_plan_dft_1d(size,
                      (fftwf_complex*)&data[0],
                      (fftwf_complex*)&data[0],
                      FFTW_FORWARD,
                      FFTW_ESTIMATE);
// ^ seg faults here ^

fftwf_execute(plan);
fftwf_destroy_plan(plan);

Любые идеи, что может быть причиной этого?

Использование FFTW 3.3. Пробовал 2 разных компилятора, g++ 4.1.1 и icc 11.1. Кроме того, основной файл файла не показывает ничего важного:

Thread 1.1: Error at 0x00000000
Stack Trace: PC: 000000, FP=Hex Address

ИЗМЕНИТЬ

Я перенастроил FFTW, чтобы добавить отладку, используя следующие команды:

setenv CFLAGS "-fPIC -g -O0"
configure --enabled-shared --enable-float --enable-debug
make
make install

Когда в программе возникает ошибка сегментации, она находится в случайном месте в методе fftwf_plan_dft_1d(), однако трассировка стека всегда показывает, что она находится внутри или ниже функции search, которая вызывается mkplan.


c++ fftw
person steveo225    schedule 27.09.2011    source источник
comment
Вы должны выяснить, на какой линии он ошибается, а затем обновить вопрос, добавив дополнительную информацию.   -  person N_A    schedule 27.09.2011
comment
Вы сказали, что это все внутренний код. Это означает, что вы можете выяснить, на какой строке fftwf_plan_dft_1d происходит ошибка seg.   -  person N_A    schedule 27.09.2011
comment
Как только он входит в fftwf_plan_dft_1d, отладчик внезапно останавливается без ошибок или статуса, и если я просматриваю основной файл, он ничего не показывает.   -  person steveo225    schedule 27.09.2011
comment
Пожалуйста, опубликуйте объявление fftwf_plan_dft_1d() и первые строки его реализации.   -  person wallyk    schedule 27.09.2011
comment
Я предполагаю, что если i является size_t, -i не даст вам ожидаемого результата. И посмотрев на шапку fftw3.h, вижу, что ожидают комплекс С99, чего-то с такой же компоновкой. Вы уверены, что std::complex имеет такой же макет/совместим?   -  person paercebal    schedule 27.09.2011
comment
Это код фортрана: type(C_PTR) function fftwf_plan_dft_1d(n,in,out,sign,flags) bind(c,name='fftwf_plan_dft_1d') import integer(C_INT), value :: n complex(C_FLOAT_COMPLEX), dimensions(*), intent(out) :: in и т. д. Хотите еще?   -  person steveo225    schedule 27.09.2011
comment
В paercebal: я не ищу никакого результата, это был просто тест, чтобы увидеть, будет ли он компилироваться и запускаться, результаты бесполезны, я просто не хочу, чтобы он ошибался, и сложный тип должен быть совместим, поскольку они обе являются непрерывной памятью, float[2] и struct { float re, im; }   -  person steveo225    schedule 27.09.2011
comment
Вы проверили, установлен ли для основного файла соответствующий размер с помощью ulimit -c(or -a?)? Иногда, если размер файла дампа равен нулю, файл дампа не выгружается.   -  person Sriram    schedule 28.09.2011
comment
Да, у меня установлено безлимитное   -  person steveo225    schedule 28.09.2011
comment
Возможно, вам придется перекомпилировать FFTW с символами отладки, чтобы увидеть, что происходит. В Linux-подобных системах извлеките исходный дистрибутив FFTW-3.3, cd в извлеченную папку и введите CFLAGS='-g -O0' FFLAGS='-g -O0' ./configure   -  person Daniel Trebbien    schedule 28.09.2011
comment
Я перенастроил с помощью отладки и разместил дополнительную информацию в сообщении. Кроме того, я столкнулся с valgrind приложением, и это не помогло, но я жаловался на те же области в FFTW.   -  person steveo225    schedule 28.09.2011

Ответы (3)


arrow_upward
3
arrow_downward

Очевидно, проблема связана с многопоточностью. Несмотря на то, что основные функции в FFTW являются потокобезопасными (например, fftwf_execute), функции для создания плана — нет. Это не полностью объясняет, почему простой запуск теста при запуске не удался, однако, когда я экскапсулировал создание плана в блокировках мьютекса, ошибки сегментации прекратились.

person steveo225    schedule 03.10.2011
comment
У меня проблема при интеграции FFTW3 в Apache Spark (с JNI). Если я запускаю свое приложение, используя одно ядро ​​на узел в кластерном режиме или одно ядро ​​на одной машине (локальный режим), все в порядке. Однако, если я запускаю свое приложение, используя два или более ядер на машине, я обнаружил эту проблему: SIGSEGV (0xb) в pc=0x00007ff9007bc5ae, pid=27386, tid=0x00007ff91e1f1700 — Проблемный фрейм: C [libfftw3f.so.3+0x155ae ] fftwf_mkplan+0xe - person Vitrion; 14.03.2019
comment
Не могли бы вы объяснить немного больше, как создать блокировку мьютекса? Спасибо - person Vitrion; 14.03.2019

arrow_upward
2
arrow_downward

Создание и уничтожение планов должно быть однопоточным

fftw_init_threads();
#pragma omp parallel for
for(i=0;i<n;i++) {
   #pragma omp critical {
     plan = fftw_create_plan....
   }
   fftw_execute(plan); // or the fftw_execute_dft for multiple in/out fft operations
   #pragma omp critical {
     fftw_destroy_plan(plan);
   }
}
fftw_cleanup_threads();
person Bob    schedule 01.08.2018

arrow_upward
0
arrow_downward

Я опоздал на 3 года, но я только что наткнулся на очень похожую проблему, в том числе при использовании многопоточности (--enable-openmp и fftw_plan_with_nthreads(omp_get_max_threads())). Мой сегмент вышел из строя fftw_destroy_plan(p).

Оказалось, что я не обращал внимания при реструктуризации своего кода, и я вызывал fftw_cleanup_threads() перед вызовом fftw_destroy_plan(p) ... глупо, я знаю, но это заставило меня гоняться за своим хвостом около 1 часа.

При использовании многопоточности fftw_cleanup_threads() необходимо вызывать после всех функций fftw*, так же как fftw_init_threads() необходимо вызывать перед любой функцией fftw*.

person Normadize    schedule 20.10.2014
comment
Привет @normadize, я слежу за тобой из-за темы, которую ты начал на форумах WordPress. В комментарии вы упомянули, что qtranslate-slug можно улучшить. Теперь я также поддерживаю его, и мне интересно, какие изменения вы внесли. Извините, что гоняюсь за вами здесь... :) - person pcarvalho; 28.12.2014
comment
Моды наверняка удалят это, но, возможно, вы можете оставить некоторую контактную информацию или написать на мой адрес gmail (то же имя), прежде чем они это сделают. - person Normadize; 28.12.2014