Существуют ли файловые системы с открытым исходным кодом для Windows, поддерживающие шифрование?

Имейте в виду, что шифрование часто не выполняется на уровне файловой системы. Это делается на блочном уровне, где сектора фактически читаются/записываются на диск. Это позволяет использовать любую файловую систему с шифрованием, поскольку файловая система находится поверх уровня шифрования.

No.

Существует Bitlocker, но его реализация имеет закрытый исходный код. Все остальное, что не производится Microsoft, по определению будет «прикручено болтами». Насколько я знаю, Microsoft не предоставляет файловых систем с открытым исходным кодом в своих ОС.

Какие-то конкретные варианты использования?

TrueCrypt поддерживает полное шифрование тома с загрузочным паролем. Мне не удалось это подтвердить, но я считаю, что BitLocker также требует пароль при загрузке. TrueCrypt — единственный вариант, который мне удалось найти, и он относительно зрелый. Полное шифрование диска с TrueCrypt было бы прозрачным — я не уверен, что вы подразумеваете под «прикрепленным болтом», но я предполагаю, что вы имеете в виду отсутствие необходимости монтировать зашифрованный том каждый раз, когда вы входите в систему.

Редактировать: К сожалению, версии FUSE для Windows нет. Существуют библиотеки Dokan, но, насколько я знаю, они не очень широко используются.

Лично я использую TrueCrypt, но PGP тоже отлично работает.

Вы можете проверить версию ОС нашей SolFS, которая делает то, что вам нужно. Исходный код доступен, хотя и платный.