Я пытаюсь запустить awk-скрипт с помощью python, чтобы обработать некоторые данные.
Есть ли способ запустить скрипт awk в классе python без использования системного класса для вызова его как процесса оболочки? Фреймворк, в котором я запускаю эти скрипты Python, не позволяет использовать вызов подпроцесса, поэтому я застрял либо в поиске способа конвертировать мой скрипт awk в python, либо, если это возможно, запустить скрипт awk в python.
Какие-либо предложения? Мой awk-скрипт в основном читает текстовый файл и изолирует блоки белков, которые содержат определенное химическое соединение (вывод генерируется нашей структурой; я добавил пример того, как это выглядит ниже) и изолирует их, распечатывая их на другой файл.
buildProtein compoundA compoundB
begin fusion
Calculate : (lots of text here on multiple lines)
(more lines)
Final result - H20: value CO2: value Compound: value
Other Compounds X: Value Y: value Z:value
[...another similar block]
Так, например, если я создаю белок и мне нужно посмотреть, есть ли в соединениях CH3COOH в строке конечного результата, если это так, я должен взять весь блок, начиная с команды «buildProtein», до начала следующий блок; и сохраните его в файле; а затем перейти к следующему и посмотреть, есть ли в нем снова соединение, которое я ищу... если его нет, я перехожу к следующему, до конца файла (в файле есть несколько вхождений соединения, которое Я ищу, иногда они смежные, а иногда чередуются с блоками, не имеющими соединения.
Любая помощь более чем приветствуется; уже несколько недель бью головой, и, узнав об этом сайте, я решил попросить о помощи.
Заранее спасибо за вашу доброту!