jsPlumb, кажется, неправильно размещает EndPoints при анимации узла div. Конечные точки размещаются (изначально) в [0,0] и не связаны с движущимся элементом div.
Когда div перетаскивается, конечные точки обновляются и правильно присоединяются к div. Проблема продемонстрирована в этой скрипке.
http://jsfiddle.net/rishabhsagar/aT63t/27/
Пожалуйста помоги!