Неполные данные из потока

Я читаю данные из потока процесса. По сути, я запускаю процесс с помощью API Runtime.exec и получаю входной поток процесса.

Runtime rt = Runtime.getRuntime();
process = rt.exec("C:/cygwin/home/grec.exe");
InputStream is = process.getInputStream();

Затем я собираю выходные данные процесса как --

            BufferedReader in = new BufferedReader(is);         
            char[] ls = new char[s.available()];
            ls.read(ls);
            String output = new String(ls);

Однако, когда я печатаю вывод строки, я получаю --

  break [loc]     Add a breakpoint at [file:]line or template
  callflow [val]  Enable call flow tracing
  next            Execute the over instruction, stepping over calls
  over            Execute the current instruction hierarchy

Но фактический результат -

  break [loc]     Add a breakpoint at [file:]line or template
  callflow [val]  Enable call flow tracing 
  next            Execute the over instruction, stepping over calls
  over            Execute the current instruction hierarchy
  print <xpath>   Print the value of an XPath expression
 profile [val]   Turn profiler on or off
 reload          Reload the script contents
 run             Restart the script
 step            Execute the next instruction, stepping into calls
 verbose         Turn on verbose (-v) output logging
 where           Show the backtrace of template calls
 quit            Quit debugger

То есть часть вывода усекается, но код не выдает никаких исключений. Я попытался увеличить размер BufferedReader, а также увеличить размер массива ls. Я не могу найти причину такого поведения. Любые подсказки или указатели на то, что может быть причиной этого, будут высоко оценены.