Расчет оставшегося времени загрузки

Это просто математический вопрос? Если это так, возьмите разницу между timeStarted и timeNow, умножьте ее на скорость загрузки, возьмите результат, вычтите его из размера файла и разделите на свою скорость загрузки. Это ваше оставшееся время (при условии, что скорость загрузки постоянна в любое время).

(fileSize - (timeNow - timeStarted) * uploadSpeed) / uploadSpeed

Но гораздо более точным способом является использование фактического количества загруженных байтов для расчета оставшегося времени. Это не должно быть проблемой, так как пользователь загружает файл на ваш сервер. Поэтому вы можете просто прочитать частичный размер файла с вашего сервера.

Вам действительно не нужна переменная timeStarted, поскольку uploadSpeed ​​​​не является постоянной, вам лучше отслеживать количество загруженных байтов.

var uploaded  // ammount of bytes uploaded
setInterval("updateProgress()", 1000) //every second updates the uploaded counter
function updateProgress(){
    uploaded += uploadSpeed //increments the ammount of bytes uploaded in a second
    updateProgressBar((uploaded/fileSize)*100) // update progress bar
}