В справочной странице epoll сказано, что fd, зарегистрированный с помощью EPOLLET (срабатывает по фронту), не должен дважды уведомлять EPOLLIN, если чтение не было выполнено. Поэтому после EPOLLIN вам нужно очистить буфер, прежде чем epoll_wait сможет...