Итак, мне нужно извлечь часть последовательности из файла FASTA, используя python (biopython, http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html ) Мне нужно получить первые 10 баз из каждой последовательности и поместить их в один файл,...

У меня есть 2 файла, как показано ниже: файл1.txt: 0 117nt, >gene_73|GeneMark.hm... * 0 237nt, >gene_3097|GeneMark.... * 0 237nt, >gene_579|GeneMark.h... * 0 237nt, >gene_988|GeneMark.h... * 0 189nt, >gene_97|GeneMark.hm... * 0 183nt,...

Я использую Biopython, чтобы открыть большой файл fasta с одной записью (514 мегабаз), чтобы я мог извлечь последовательность ДНК из определенных координат. Возвращать последовательность достаточно медленно, и мне просто интересно, есть ли более...

У меня есть файл FASTA с несколькими последовательностями, например: > AT1G01250.1 | Symbols: | Integrase-type DNA-binding superfamily protein MSPQRMKLSSPPVTNNEPTATASAVKSCGGGGKETSSSTTRHPVYHGVRKRRWGKWVSEI...

У меня есть два файла, первый (file1) содержит несколько rexeges, а другой (file2) содержит последовательности FASTA. Мое намерение состоит в том, чтобы использовать регулярное выражение в файле1, чтобы проверить, соответствуют ли они каким-либо...

Я использую скрипт Python, который ищет шаблон в файле fasta. Он работает очень хорошо, но не возвращает перекрывающиеся строки. К сожалению, меня интересуют возможные перекрывающиеся строки. Поскольку я не программист (я просто пытаюсь изучить...

У меня в папке есть куча TSV файлов и для каждого из них я хотел бы получить файл fasta где заголовок после знака '>' это имя файла. В моем TSV-файле 5 столбцов без заголовка: Таким образом: входной файл с именем: "A.coseq.table_headless.tsv"...

Я использую пакет R msa , основной пакет Bioconductor для множественного выравнивания последовательностей. В msa я использую алгоритм выравнивания MUSCLE для выравнивания последовательностей белков. library(msa) myalign <-...

У меня есть каталог с несколькими сотнями файлов multi-FASTA. Эти файлы называются по названию вида или рода, например: Bubo_bubo.fasta Poa_CC7849.fasta Homo_sapiens.fasta ... Внутри каждого файла заголовки автоматически генерируются...

Итак, я использую командную строку MacOS и имею два файла Файл A.txt A B F Файл B.txt >A abcde >B efghi >C jklmn >D opqrs >E tuvwx >F yz123 Я хочу, чтобы он прошел через цикл while через файл A.txt и распечатал...

У меня есть два файла данных (FASTA), и каждый файл представляет один ген, а последовательности идентифицируются по видам и по местам. Я хотел бы объединить эти файлы в один в качестве примера: psbki.fas: >E_oleracea_Docas_de_Belm AACCT...