Вопросы по теме 'fastq'
копирование информации fastq в новый файл fastq
Я пытаюсь написать код, который откроет файл fasta и извлечет прочитанное имя (заголовок), последовательность (seq) и показатели качества (qual) из другого файла fastq, ТОЛЬКО ЕСЛИ он будет найден в файле fasta, и напишите эту информацию fastq в...
650 просмотров
schedule
09.01.2024
Извлечение идентификатора и последовательности из файла FASTQ
Я пытаюсь манипулировать файлом Fastq. Это выглядит так:
@HWUSI-EAS610:1:1:3:1131#0/1
GATGCTAAGCCCCTAAGGTCATAAGACTGNNANGTC
+
B<ABA<;B@=4A9@:6@96:1??9;>##########
@HWUSI-EAS610:1:1:3:888#0/1
GATAGGACCAAACATCTAACATCTTCCCGNNGNTTC
+...
2424 просмотров
schedule
06.11.2023
Grep выводит странные символы, используя флаги -A и -B для анализа fastq
У меня есть файл, который выглядит так:
@HISEQ:331:C85AMANXX:8:1101:16636:1980 1:N:0:ATCACGAC
NTCTATAAACTCTTCATGCCAGTTCCCTGTCTCATCAGATAGATTCTGAGGCCTCTAGGCATCAGCCGGATATCCCTAAGGACAGTGTTGGAGGAACTGCTGAGTGGATTCATGGTCAACTACCAA
+...
74 просмотров
schedule
01.12.2023
Как изменить заголовки последовательности на имя файла и уникальный идентификатор в файле fastq?
Я работаю с данными со штрих-кодом и хочу иметь возможность комбинировать файлы fastq и легко определять, какой штрих-код изначально был прочитан. Поэтому я пытаюсь изменить имена чтений на имя файла (например, barcode01.fastq) и добавить в конец...
298 просмотров
schedule
31.01.2024
Как отсортировать грязные файлы fastq в чередующиеся файлы fastq
У меня есть файл fastq ( file.fastq ) размером около 80 ГБ, в котором есть строка заголовка и три последующие информационные строки. Мне нужно сопоставить /1 и /2 в строках заголовка, соответствующих информации заголовка, и поместить их в один файл,...
104 просмотров
schedule
28.03.2024