Вопросы по теме 'h5py'
HDF5 для Python: интерфейсы высокого и низкого уровня. h5py
Я работал с файлами HDF5 с C и Matlab , используя один и тот же способ чтения и записи в наборы данных:
открыть файл с помощью h5f
открыть набор данных с h5d
выберите пробел с помощью h5s
и так далее...
Но сейчас я работаю с...
899 просмотров
schedule
03.05.2024
Как записать файлы hdf5 без перезаписи?
Извините, если это очень простой вопрос о h5py .
Я читал документацию, но не нашел похожего примера.
Я пытаюсь создать несколько наборов данных hdf5 с помощью Python, но оказывается, что после закрытия данные файла будут перезаписаны....
8221 просмотров
schedule
22.05.2024
h5py не может прочитать файл fast5
Я пытаюсь записать данные из файла fast5 в текстовый файл. Я могу сделать это, перейдя в каталог, где находятся файлы, и используя этот код:
for filename in os.listdir(os.getcwd()):
if filename.endswith('.fast5'):
with...
1027 просмотров
schedule
05.10.2022
Ошибка чтения HDF5 с использованием h5py
Я сохранил свой набор данных в этой форме, как указано на следующем изображении (формат HDF5). Итак, у меня есть разные группы, т.е. 4, 2, 40 и т. д., и для каждой группы у меня есть 2 набора данных Annotation и Features . Я успешно сохранил их,...
9397 просмотров
schedule
28.11.2022
pip3 вылетает при установке h5py
Я пытаюсь установить h5py и выполнить sudo
pip3 установить h5py
Я также пытался установить h5py через колесо с https://pypi.python.org/pypi/h5py/2.7.0rc2
У меня установлен питон 3.5. Затем pip3 вылетает с этим выводом:
Traceback...
396 просмотров
schedule
09.02.2024
h5py разбивает структурированные структурированные массивы numpy на фрагменты
Я получаю данные с датчиков и сохраняю их в файлах HDF5, используя h5py. Данные датчика поступают в виде байтового объекта, я использую numpy для преобразования его в структурированный массив. Затем я записываю структурированный массив в файл HDF5....
749 просмотров
schedule
07.11.2023
Ошибка файла при попытке открыть файл .mat в python с библиотекой h5py
Я пытаюсь получить доступ к части данных (которая называется «маской») в файле .mat, используя следующий код:
import h5py
import numpy as np
g = h5py.File('/Path/to/file.mat')
x = g["mask"]
print(np.array(x))
Кажется, это отлично работает...
342 просмотров
schedule
28.09.2022
Сжатие файлов HDF5 без фильтров сжатия HDF5
Какие алгоритмы сжатия обычно используются при сжатии файла HDF5, созданного без применения каких-либо фильтров сжатия HDF5?
Мои файлы HDF5 созданы с помощью h5py в Python 3.8 и содержат N-мерные массивы numpy из 32-битных чисел с плавающей...
96 просмотров
schedule
07.05.2024
Почему команда mpiexec в файле python, записывающем параллельно с использованием h5py, использует больше, чем указанное количество ядер?
У меня есть приведенный ниже файл с именем demo2.py. Скопировано из: параллельная запись в разные группы с помощью h5py и http://docs.h5py.org/en/stable/mpi.html .
from mpi4py import MPI
import h5py
rank = MPI.COMM_WORLD.rank
size =...
48 просмотров
schedule
07.01.2024
Как импортировать объединенный CSV-файл в качестве набора данных в подгруппу /ds1?
Я пытаюсь собрать все файлы CSV в один HDF5 и импортировать их как набор данных в подгруппу ds1. Я пробовал следующий код, но я не получаю то, что хочу:
import h5py
import numpy.random
import os
import glob
import pandas as pd...
45 просмотров
schedule
10.02.2024
Извлечь данные в массивы numpy из файла hdf5
Несмотря на то, что я нашел несколько ресурсов по этой задаче, я не могу извлечь данные из файла hdf5 (для курса Datacamp, над которым я работаю).
Я хотел бы работать с примерами в моей локальной системе.
Вот что у меня есть:
import h5py
import...
73 просмотров
schedule
25.01.2024
как сжать списки/вложенные списки в hdf5
Недавно я узнал о сжатии hdf5 и работе с ним. Что у него есть некоторые преимущества перед .npz/npy при работе с гигантскими файлами. Мне удалось попробовать небольшой список, так как я иногда работаю со списками, которые имеют следующие строки:...
70 просмотров
schedule
30.03.2024