Направо в дълбокия край.

Въведение в биоинформатиката с помощта на Perl

Тази първа седмица беше вихрушка. Току-що започнах „магистърска степен по приложна биоинформатика в университета Кранфийлд“. В рамките на един час след като седнем, ние сме изправени пред черния екран и белия текст на командния ред и ни казват да започнем да програмираме.

За щастие, когато започнахме, ни беше дадено нещо средно между въведение и предупреждение; няма есета и много малко лекции, целта на играта е да пишете код, докато станете добър в него, на няколко езика.

Нашият фокус тази седмица беше Perl, историческото програмно семейство, използвано от биолозите навсякъде. След кратко описание на основните функции и типове данни, които можем да използваме с него, започнахме да работим върху писмени практически брошури. Те съдържаха задачи, предназначени постепенно да изградят нашата база от знания за това как да прилагаме Perl в подходяща среда.

Веднага бях ангажиран, защото беше ясно, че от самото начало всичко, което научихме, ще бъде полезно за нашето бъдеще. Това не бяха абстрактни предизвикателства без приложение в реалния свят. По-скоро, докато получим задачата си в края на седмицата, бихме могли да изградим тръбопроводни инструменти, които могат да бъдат използвани за разкриване на последователността, структурата и мрежите за взаимодействие на всеки необходим протеин.

Ако има ъгъл, който трябва да се намали (и по-важното, редове код, които да се избягват), тогава обикновено съм запален. По-късно през седмицата ни запознаха с BioPerl. Това е колекция от инструменти с отворен код, разработени от общността, които могат да се използват като самостоятелни модули или като част от по-голяма програма.

По същество, след като писахме сценарии в продължение на една седмица, ни казаха, че те вече са написани. Разбира се, без първо да сме изпълнили задачите си, нямаше да разберем как функционират пакетите BioPerl и така това не обезцени напълно нашите усилия.

Освен това BioPerl е обектно-ориентиран, което се чувства като следващото ниво. За Perl пишем програми, които обработват предоставените им данни и извеждат отговор. За BioPerl обаче дефинираме обекти, които взаимодействат един с друг в програма. Можете да прочетете това за по-добро обяснение.

Това беше първият ми опит за кодиране; Perl е първият език за програмиране, който се опитах да науча. Открих, че първоначално кривата на учене е невероятно стръмна, но бавно започваш да мислиш по различен начин.

Това е разочароващо логично и докато се предполага, че Perl е по-стабилен, гъвкав език („неофициалното мото“ е „има повече от един начин да го направим“) в сравнение с, да кажем, Python, фактът остава, че тук липсва точка и запетая , или отворена скоба там, ще спре целия напредък. Такъв е случаят с всеки код, който пишете, така че навлизането в правилните навици е ценен урок.

Въпреки че изглежда, че изучаването на Perl може да има по-голямо значение за разбирането на наследения код сега, започнах да го използвам с удоволствие. Камилата винаги е била символ на Perl и докато единствената официална причина е появата й на корицата на първото издание на Програмиране на Perl от O'Reilly Media, лесно е да се видят паралелите между обитателя на пустинята и често грозния , но винаги устойчив език за програмиране.