Autofac Загуба на регистрации в Web.Config Edit

Имам многослойно уеб приложение, което създадох с ASP.NET MVC 4, WebAPI и някои други компоненти. Използвам най-новата версия на Autofac 2.6.2.859 като мой DI контейнер заедно с интеграциите на MVC и WebAPI. Имам настройка на модули autofac в моите различни слоеве и използвам новите RegisterAssemblyModules, за да сканирам модулите на AppDomain за различните модули.

При стартиране всеки работи чудесно. Когато редактирам файла web.config и приложението загрее, моите регистрации се губят. Получавам DependencyResolutionException -

Нито един от намерените конструктори с „Флагове за публично обвързване“ на тип „My.Class.Name“ не може да бъде извикан с наличните услуги и параметри:

Така че моите регистрации не се презареждат. Някой знае ли как да се справи с този проблем? Трябва ли да поставя кода си за инициализация някъде другаде освен Application_Start()?

АКТУАЛИЗАЦИЯ

Ето как изглежда моят код

 public static class IoC
{
    public static void Configure()
    {
        var builder = new ContainerBuilder();
        var assemblies = AppDomain.CurrentDomain.GetAssemblies();

        //Assembly Modules            
        builder.RegisterAssemblyModules<NSUTriviaModuleBase>(assemblies);

        // Register API controllers using assembly scanning.
        builder.RegisterControllers(assemblies);

        // Register API controllers using assembly scanning.
        builder.RegisterApiControllers(assemblies);

        var container = builder.Build();
        // Set the dependency resolver implementation.
        var resolver = new AutofacWebApiDependencyResolver(container);

        GlobalConfiguration.Configuration.DependencyResolver = resolver;
        DependencyResolver.SetResolver(new AutofacDependencyResolver(container));
    }
}