Как да задам цвета на JButtons в масив в java?

Трябва да нулирате цвета на бутона до син в цикъла for на метода reset:

buttons[i].setBackground(Color.blue);

Ето как изглежда полученото приложение на моята машина и машина с Mac OSX. Бутоните стават бели, след като бъдат избрани:

Ако използвате Mac OSX, може също да имате проблеми с външния вид на системата. Можете да промените това във вашия main метод по този начин:

public static void main(String[] args){
   try {
      // Set cross-platform Java L&F (also called "Metal")
      UIManager.setLookAndFeel(UIManager.getCrossPlatformLookAndFeelClassName());
      // alternatively, the following should load the default L&F for your system
      //UIManager.setLookAndFeel(UIManager.getSystemLookAndFeelClassName());
   } catch (Exception e) {}

   TicTacToe play = new TicTacToe();
}

Това всъщност е страничен ефект на JButton.

Фонът и съдържанието са две различни понятия. Въпреки че можете да промените цвета на фона, той може да не промени областта на съдържанието на бутона. Всъщност може да действа различно при различен вид и усещане.

Вместо това използвайте JLabel, много по-лесно е да се контролира...

public class TicTacToe implements ActionListener {

    private JLabel labels[] = new JLabel[9];
    private JFrame window = new JFrame("Tic Tac Toe");
    private boolean win = false;
    private int count = 0;
    private int Xwins = 0, Owins = 0;
    private String letter = "";
    private int[][] winCombinations = new int[][]{
        {0, 1, 2}, {3, 4, 5}, {6, 7, 8}, //horizontal wins
        {0, 3, 6}, {1, 4, 7}, {2, 5, 8}, //vertical wins
        {0, 4, 8}, {2, 4, 6} //diagonal wins
    };
    String name1 = JOptionPane.showInputDialog("Please enter first player's name");
    String name2 = JOptionPane.showInputDialog("Please enter second player's name");

    public TicTacToe() {
        JOptionPane.showMessageDialog(null, "Remember Player 1 is X and Player 2 is O.");
        window.setSize(300, 300);
        window.setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
        window.setLayout(new GridLayout(3, 3));
        window.setVisible(true);

        MouseHandler handler = new MouseHandler();

        for (int i = 0; i <= 8; i++) {
            labels[i] = new JLabel();
            labels[i].setOpaque(true);
            labels[i].setBorder(new LineBorder(Color.LIGHT_GRAY));
            labels[i].setHorizontalAlignment(JLabel.CENTER);
            window.add(labels[i]);
            labels[i].addMouseListener(handler);
            labels[i].setBackground(Color.MAGENTA);
        }
//        for (JButton button : buttons) {
//            button.setBackground(Color.BLUE);
//        }

    }

    public void actionPerformed(ActionEvent event) {
    }

    public void playAgain() {
        if (letter == "X") {
            Xwins++;
        } else {
            Owins++;
        }
        JOptionPane.showMessageDialog(null, name1 + " has won this many times: " + Xwins);
        JOptionPane.showMessageDialog(null, name2 + " has won this many times: " + Owins);
        int response = JOptionPane.showConfirmDialog(null, "Would you like to play again?", "Confirm", JOptionPane.YES_NO_OPTION, JOptionPane.QUESTION_MESSAGE);

        if (response == JOptionPane.YES_OPTION) {
            reset();
        } else {
            System.exit(0);
        }
    }

    public void reset() {
        for (int i = 0; i <= 8; i++) {
            labels[i].setText("");
            labels[i].setEnabled(true);
        }
        win = false;
        count = 0;
    }

    public class MouseHandler extends MouseAdapter {

        @Override
        public void mouseClicked(MouseEvent event) {
            count++;
            if (count % 2 == 0) {
                letter = "O";

            } else {
                letter = "X";
            }
            JLabel pressedLabel = (JLabel) event.getSource();
            pressedLabel.setText(letter);
            pressedLabel.setEnabled(false);
            pressedLabel.setBackground(Color.WHITE);


            //Determine who won
            for (int i = 0; i <= 7; i++) {
                if (labels[winCombinations[i][0]].getText().equals(labels[winCombinations[i][1]].getText())
                                && labels[winCombinations[i][1]].getText().equals(labels[winCombinations[i][2]].getText())
                                && labels[winCombinations[i][0]].getText() != "") {
                    win = true;
                }
            }
            if (win == true) {
                if (letter == "X") {
                    JOptionPane.showMessageDialog(null, name1 + " wins the game!");
                } else {
                    JOptionPane.showMessageDialog(null, name2 + " wins the game!");
                }
                playAgain();
            } else if (count == 9 && win == false) {
                JOptionPane.showMessageDialog(null, "The game is tied!");
                playAgain();
            }
        }
    }

    public static void main(String[] args) {
        EventQueue.invokeLater(new Runnable() {
            @Override
            public void run() {
                try {
                    UIManager.setLookAndFeel(UIManager.getSystemLookAndFeelClassName());
                } catch (Exception ex) {
                }

                TicTacToe play = new TicTacToe();
            }
        });
    }
}

Единственият друг избор, който може да имате, е да създадете имплементация на бутона, който е в състояние само да рисува цвета на фона, това ще изисква да разширите от AbstractButton, но честно казано, това е много работа...

@808sound е на прав път - някои от стандартния външен вид и усещане (напр. Windows) правят странно/трудно/трудно променянето на цвета на бутоните.

В началото на вашата програма опитайте да зададете LAF чрез

UIManager.setLookAndFeel(UIManager.getCrossPlatformLookAndFeelClassName()); 

Повече подробности тук