Как да извърша ANOVA с един фактор в R с проби, организирани по колона?

Подреждате ги в дългия формат:

mdat <- stack(mydata)
mdat
   values ind
1       1   a
2       3   a
3       4   a
4       6   a
5       8   a
6       3   b
7       6   b
snipped output

> aov( values ~ ind, mdat)
Call:
   aov(formula = values ~ ind, data = mdat)

Terms:
                 ind Residuals
Sum of Squares  18.2      65.6
Deg. of Freedom    3        16

Residual standard error: 2.024846 
Estimated effects may be unbalanced

Предвид предупреждението може да е по-безопасно да използвате lm:

> anova(lm(values ~ ind, mdat))
Analysis of Variance Table

Response: values
          Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
ind        3   18.2  6.0667  1.4797 0.2578
Residuals 16   65.6  4.1000               
> summary(lm(values~ind, mdat))

Call:
lm(formula = values ~ ind, data = mdat)

Residuals:
   Min     1Q Median     3Q    Max 
 -3.40  -1.25   0.00   0.90   3.60 

Coefficients:
            Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)    
(Intercept)   4.4000     0.9055   4.859 0.000174 ***
indb          0.8000     1.2806   0.625 0.540978    
indc         -1.2000     1.2806  -0.937 0.362666    
indd         -1.6000     1.2806  -1.249 0.229491    
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 

Residual standard error: 2.025 on 16 degrees of freedom
Multiple R-squared: 0.2172, Adjusted R-squared: 0.07041 
F-statistic:  1.48 on 3 and 16 DF,  p-value: 0.2578 

И моля, не ме питайте защо Excel дава различен отговор. Като цяло е доказано, че Excel е много ненадежден, когато става въпрос за статистика. Отговорността на Excel е да обясни защо не дава отговори, сравними с R.

Редактиране в отговор на коментари: Процедурата Excel Data Analysis Pack ANOVA създава изход, но не използва функция на Excel за този процес, така че когато промените данните в клетките с данни, от които са извлечени, и след това натиснете F9, или еквивалентната команда за преизчисляване на менюто, няма да има промяна в изходния раздел. Този и други източници на потребителски и числени проблеми са документирани в различни страници от усилията на Дейвид Хайзър да оцени проблемите на Excel със статистически изчисления: http://www.daheiser.info/excel/frontpage.html Хайзер започна усилията си, които сега продължават поне десетилетие, с очакването Microsoft да поеме отговорност за тези грешки, но те последователно са игнорирали неговите и усилията на другите за идентифициране на грешки и предлагане на по-добри процедури. Имаше и специален доклад от 6 раздела в изданието юни 2008 г. на „Computational Statistics & Data Анализ", редактиран от BD McCullough, които обхващат различни статистически проблеми с Excel.