Матрица на разстоянието със знак в R

[Забележете, че написах този въпрос, след което намерих отговор. Мислех, че може би някой друг би искал да го знае, така че публикувам отговора за всеки случай. Не съм сигурен дали това е „свършеното“].

Да предположим, че искам матрицата на разстоянието със знак на вектор, т.е. разстоянията не винаги са положителни, но могат да бъдат отрицателни. Не можете да използвате

dist()

защото връща абсолютни стойности.


r distance matrix
person Daniel Egan    schedule 19.02.2013    source източник

Отговори (2)


arrow_upward
2
arrow_downward

Ето друг подход, който е много по-бърз и изисква по-малко памет:

y <- sample (1 : 4)
distmat <- outer (y, y, `-`)

добиви:

> distmat
     [,1] [,2] [,3] [,4]  
[1,]    0    1    3    2  
[2,]   -1    0    2    1  
[3,]   -3   -2    0   -1  
[4,]   -2   -1    1    0

## not sure why you want the upper triangular NA
distmat[upper.tri(distmat,diag=TRUE)]<-NA

но може би искате:

> as.dist (distmat)
   1  2  3
2 -1      
3 -3 -2   
4 -2 -1  1
person cbeleites unhappy with SX    schedule 19.02.2013

arrow_upward
1
arrow_downward

Използвайте приложи:

y<-seq(1:10)
distmat<-as.data.frame(apply(as.matrix(y),1,function(x) y-x))
distmat[upper.tri(distmat,diag=TRUE)]<-NA
person Daniel Egan    schedule 19.02.2013
comment
можете да получите distmat и като replicate(length(y), y) - t(replicate(length(y), y)). - person Arun; 19.02.2013
comment
Освен това резултатът, който сте създали тук, може да бъде получен от dist(1:10, method="manhattan") - person Arun; 19.02.2013
comment
Просто се надявам, че възнамерявате да използвате определението за разстояние със знак, както в en.wikipedia.org/wiki/Signed_distance , в който случай не е съвсем ясно какъв е вашият интериор/екстериор. Нека бъдем ясни: разстоянието по стриктна дефиниция е неотрицателно. Търсите ли по същество векторни местоположения (напр. точка при (-3,-2), която има евклидово разстояние sqrt(3^2 + 2^2) от началото)? - person Carl Witthoft; 19.02.2013
comment
@Arun, но OP изрично поиска възможността за получаване на отрицателни разстояния, което method = "manhattan" не изпълнява (примерът е лош, тъй като не показва това изискване. - person cbeleites unhappy with SX; 19.02.2013
comment
@cbeleites, да, разбирам, но крайният резултат премахва отрицателните стойности. Ето защо споменах резултатите, които сте произвели тук... вероятно е трябвало да бъдат distmat[lower.tri(distmat, diag=TRUE)] <- NA вместо това. - person Arun; 19.02.2013