Инсталиране на python модул rpy2 след инсталиране на Enthought Canopy

Някои от моите скриптове на Python използват rpy2 като интерфейс към R, който работи перфектно с предишния Enthought EPD python.

Наскоро инсталирах Canopy Python от Enthought. Python вече не намира модула rpy2 и когато се опитам да го преинсталирам, получавам следните грешки:

$ easy_install rpy2

[...]

Processing rpy2-2.3.5.tar.gz
Writing /var/folders/9n/qk8wf11d205b0lrr57wyg7k80000gp/T/easy_install-HIclIh/rpy2-2.3.5/setup.cfg
Running rpy2-2.3.5/setup.py -q bdist_egg --dist-dir /var/folders/9n/qk8wf11d205b0lrr57wyg7k80000gp/T/easy_install-HIclIh/rpy2-2.3.5/egg-dist-tmp-A3O60G
"/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R" CMD config --ldflags
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 142: make: command not found
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/config: line 143: make: command not found
R was not built as a library
Invalid substring

in string

error: Setup script exited with Problem while running `"/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R" CMD config --ldflags`

python r rpy2 enthought
person Martin    schedule 25.04.2013    source източник

Отговори (1)


arrow_upward
2
arrow_downward

Грешката ви предполага, че R не е изграден с --enable-R-shlib или че настройката изпитва затруднения при намирането на R. Вие също така надстроихте/преинсталирахте/изградихте R някъде в този процес? В терминала какъв е резултатът от следните команди:

echo $R_HOME

и

ls $R_HOME/lib

Предполага се, че първият показва /Library/Frameworks/R.framework/Resources, който съответства на мястото, където се търси инсталацията на rpy, но имате ли наличен libR.dylib във втория?

Ако не, опитвали ли сте да преинсталирате R?

person bbbruce    schedule 25.04.2013
comment
Благодаря за отговора! Оказа се, че трябва да престроя R и за това трябваше да изтегля инструменти за команден ред на Xcode. Ето какво реши проблема: 1. Изтеглете най-новата версия на Xcode (4.6.2) 2. В XCode Preferences › Downloads › Install Command line tools 3. Изтеглете най-новата версия на R 4. в папка R-3.0.0: ./configure --enable-R-shlib 5 , easy_install rpy2 - person Martin; 25.04.2013