знае времето за изпълнение и сравнява времето за изпълнение на 2 файла с помощта на PERL или shell скрипт

Какво точно имате предвид под "последно изпълнени пъти"? Моят отговор работи с времето на последната модификация:

В shell можете да използвате тестовете -nt и -ot:

if [ "$file1" -nt "$file2" ] ; then
    echo "$file1 is newer than $file2."
fi

В Perl използвайте теста за файл -M:

if (-M $file1 < -M $file2) {
    print "$file1 is newer than $file2.\n";
}