Използване на .MapOwinRoute() вместо класа OwinStartup / Configuration - преговарянето връща 404

Работя върху приложение, използващо SignalR 2, и срещам проблеми при картографирането на SignalR чрез метода на разширение .MapOwinRoute() за ASP.net 4 RouteTable.Routes. Като:

RouteTable.Routes.MapOwinRoute("signalr.hubs", "signalr/hubs", a => a.MapSignalR());

също добавен към Web.Config:

<appSettings>
    <add key="owin:AutomaticAppStartup" value="false" />
</appSettings

Картира се. Навигирането до /signalr/hubs ми дава прокситата на хъбовете, но когато се свържа с моя код:

$(function () {
   var orderProcessing = $.connection.orderProcessing;
   $.connection.hub.start().done(function () {
      orderProcessing.server.doStuff();
   });
});

Маршрутът /signalr/negotiate връща 404.

Всичко работи добре, когато го направя така:

[assembly: OwinStartup(typeof(Web.Startup))]

namespace Web
{
    public class Startup
    {
        public void Configuration(IAppBuilder app)
        {
            app.MapSignalR();
        }
    }
}

Проблемът е, че използването на OwinStartup не е опция за мен, тъй като трябва да конфигурирам SignalR с моя собствен резолвер на зависимости, свързвайки го с общия IOC контейнер, който използвам, и той не е готов в момента на OwinStartup. Също така трябва да конфигурирам JSON сериализатора с персонализирани опции, които също се конфигурират на по-късен етап.

Не мога да разбера какво пропускам тук.