Мога ли да напиша javascript файл, който по избор използва require.js за указване на зависимости, когато е наличен?

Може да се направи. Имам един такъв плъгин точно тук. Ето общата структура:

(function (factory) {
    // If in an AMD environment, define() our module, else use the
    // jQuery global.
    'use strict';
    if (typeof define === 'function' && define.amd)
        define(['jquery'], factory);
    else
        factory(jQuery);
}(function ($) {
    'use strict';

    // This is the plugin proper.
    $.fn.myMethod = function(/* ... */) {
        // Code for the method...
    };
}));

Плъгин, който се нуждае от други неща освен само jQuery, ще използва структурата по-горе със следните модификации:

1. Обаждане до define, което изброява необходимите допълнителни модули.

2. Извикване factory(jQuery) (в клона извън AMD, използвано, когато RequireJS не зарежда плъгина), което предава допълнителни стойности от глобалното пространство след jQuery.

3. Фабрична функция function ($), която има допълнителни аргументи за получаване на допълнителните стойности, подадени към нея.

Така че, ако плъгинът се нуждае от модул foo, който се експортира в глобалното пространство като foo и с конфигурация RequireJS, която го наименува "foo", тогава:

(function (factory) {
    // If in an AMD environment, define() our module, else use the
    // jQuery global.
    'use strict';
    if (typeof define === 'function' && define.amd)
        define(['jquery', 'foo'], factory);
    else
        factory(jQuery, foo);
}(function ($, foo) {
    'use strict';

    // This is the plugin proper.
    $.fn.myMethod = function(/* ... */) {
        // Code for the method...
        foo.blah();
    };
}));