Изпълнявайте R команди в Automator

Опитвам се да автоматизирам прост работен процес. Това е единична линия в терминала, нищо особено. И също така тествано през терминал - работи перфектно.

По време на този работен поток R трябва да се стартира чрез Automator (изпълнете скрипт на обвивка). Но е невъзможно да стартирате R чрез Automator (изпълнете shell скрипт). Интересно: Също така е невъзможно да се стартира "psql" чрез автоматизиран скрипт, но "Python" работи.

Каква е тайната зад това? (R & psql работи перфектно чрез нормален терминал.)


python r shell psql
person Teletubbi-OS X    schedule 17.07.2014    source източник
comment
Ако нямате нужда от интерактивна сесия, използвайте Rscript -e 'library(myLibrary);mySuperScript'.   -  person fxi    schedule 17.07.2014
comment
възможен дубликат на Изпълнете Shellscript от Mac Automator   -  person tripleee    schedule 07.08.2014

Отговори (1)


arrow_upward
0
arrow_downward

В (mac) OS X стартирайте автоматизиран процес с Run Shell Script действие.

Опитайте с тази команда:

Rscript -e "system('say hello')"

Би трябвало да работи.

Пример с лъскаво приложение:

Rscript -e "library(shiny);runExample('01_hello',launch.browser = T)"
person fxi    schedule 17.07.2014
comment
Почти перфектно! С Rscript браузърът се стартира - и нищо не се случва. От Терминал, перфектно. Изпълнявам тази команда: Rscript -e "shiny::runApp(('/Users/ABC/Documents/Git/RShiny/shinyapp'),launch.browser=TRUE))" Automator използва различен от нормалния $BASH. Но кой? - person Teletubbi-OS X; 19.07.2014
comment
Не знам какво става с твоето лъскаво приложение. Опитайте примера в моя отговор: работи ли? В скрипта на автоматизирана обвивка обвивката настроена ли е на /bin/bash? - person fxi; 19.07.2014
comment
Това е резултатът от лъскавия пример ?? Изглежда, че R не намира gfortran библиотеки. Ако напишете which gfortran във вашия терминал, имате ли нещо? Ако не, може би трябва да инсталирате gfortran с homebrew : brew install gfortran. Но може би има друг проблем, несвързан с първия ви въпрос. - person fxi; 22.07.2014
comment
Терминален изход, за който gfortran: /usr/local/bin/gfortran - person Teletubbi-OS X; 22.07.2014
comment
Добре.. как инсталирахте R? надстроихте ли xcode? инсталирали ли сте gfortran чрез brew? Може би имате проблем с динамичната връзка. Опитайте се да зададете път на резервна библиотека export DYLD_FALLBACK_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib/gcc/. Ако не е по-добре, махнете го с unset DYLD_FALLBACK_LIBRARY_PATH. Ако нищо не работи, опитайте да преинсталирате r : r+gfortran+ домашно инсталиране... - person fxi; 22.07.2014
comment
Или задайте нов въпрос, защото изглежда не е свързан с този въпрос :) - person fxi; 22.07.2014