Как да комбинирам два RMarkdown (.Rmd) файла в един изход?

Актуализация от август 2018 г.: Този отговор е написан преди появата на bookdown, което е по-мощен подход за писане на книги, базирани на Rmarkdown. Вижте минималния пример за bookdown в отговора на @Mikey-Harper!

Когато искам да разделя голям отчет на отделни Rmd, обикновено създавам родителски Rmd и включвам главите като деца. Този подход е лесен за разбиране от новите потребители и ако включите съдържание (toc), можете лесно да навигирате между главите.

доклад.Rmd

---  
title: My Report  
output: 
  pdf_document:
    toc: yes 
---

```{r child = 'chapter1.Rmd'}
```

```{r child = 'chapter2.Rmd'}
```

chapter1.Rmd

# Chapter 1

This is chapter 1.

```{r}
1
```

chapter2.Rmd

# Chapter 2

This is chapter 2.

```{r}
2
```

Изграждане

rmarkdown::render('report.Rmd')

Което създава:

И ако искате бърз начин за създаване на парчета за вашите дъщерни документи:

rmd <- list.files(pattern = '*.Rmd', recursive = T)
chunks <- paste0("```{r child = '", rmd, "'}\n```\n")
cat(chunks, sep = '\n')
# ```{r child = 'chapter1.Rmd'}
# ```
#
# ```{r child = 'chapter2.Rmd'}
# ```

Бих препоръчал на хората да използват пакета bookdown за създаване на отчети от множество R Markdown файлове. Той добавя много полезни функции като кръстосани препратки, които са много полезни за по-дълги документи.

Адаптиране на примера от @Eric, тук е минимален пример за настройката на bookdown. Основният детайл е, че основният файл трябва да се нарича index.Rmd и трябва да включва допълнителния YAML ред site: bookdown::bookdown_site:

index.Rmd

---
title: "A Minimal bookdown document"
site: bookdown::bookdown_site
output:
  bookdown::pdf_document2:
    toc: yes
---

01-intro.Rmd:

# Chapter 1

This is chapter 1.

```{r}
1
```

02-intro.Rmd:

# Chapter 2

This is chapter 2.

```{r}
2
```

Ако плетем, index.Rmd bookdown ще обедини всички файлове в една и съща директория по азбучен ред (това поведение може да се промени с помощта на допълнителен _bookdown.yml файл).

След като се запознаете с тази основна настройка, е лесно да персонализирате документа на bookdown и изходните формати, като използвате допълнителни конфигурационни файлове, т.е. _bookdown.yml и _output.yml

Допълнителна литература

• R Markdown: Окончателното ръководство: Глава 11 предоставя чудесен преглед на bookdown
• Създаване на книги с bookdown предоставя изчерпателно ръководство за bookdown и се препоръчва за по-напреднали подробности.

Това проработи за мен:

Rmd_bind <- 
    function(dir = ".",
    book_header = readLines(textConnection("---\ntitle: 'Title'\n---")))
{
    old <- setwd(dir)
    if(length(grep("book.Rmd", list.files())) > 0){
    warning("book.Rmd already exists")
    }
    write(book_header, file = "book.Rmd", )
    cfiles <- list.files(pattern = "*.Rmd", )
    ttext <- NULL
    for(i in 1:length(cfiles)){
    text <- readLines(cfiles[i])
    hspan <- grep("---", text)
    text <- text[-c(hspan[1]:hspan[2])]
    write(text, sep = "\n", file = "book.Rmd", append = T)
    }
    render("book.Rmd", output_format = "pdf_document")
    setwd(old)
    }

Представете си, че има по-добро решение и би било хубаво да имате нещо подобно в пакетите rmarkdown или knitr.