Това, което в крайна сметка направих, беше да добавя параметър на командния ред към моя .exe на /RegPerfCounters. Когато exe се стартира с този параметър, той ще регистрира броячите на производителността и ще излезе.

След това в inno добавих следния ред в раздела [Run].

Filename: {app}\Monitor.exe; Parameters: /RegPerfCounters; StatusMsg: {cm:RegisteringPerfCounters}; Components: client; Flags: runhidden;