Ето как можете да получите стойностите, които търсите:

from lxml import etree

parsed = etree.parse('ct.cps')

for a in parsed.findall("//{http://www.copasi.org/static/schema}Constant"):
    print a.attrib["key"]

Изход:

Parameter_4344
Parameter_4343
Parameter_4342
Parameter_4341
Parameter_4340
Parameter_4339
Parameter_4338
Parameter_4337
Parameter_4336
Parameter_4335
Parameter_4334
Parameter_4333
Parameter_4332
Parameter_4331
Parameter_4330
Parameter_4329
Parameter_4328
Parameter_4327
Parameter_4326
Parameter_4325
Parameter_4324
Parameter_4323
Parameter_4322
Parameter_4321
Parameter_4320
Parameter_4319

Важното тук е, че коренният елемент COPASI във вашия XML файл (истинският в URL адреса на Dropbox) декларира пространство от имена по подразбиране (http://www.copasi.org/static/schema). Това означава, че елементът и всичките му наследници, включително Constant, принадлежат към това пространство от имена.

Така че вместо Constant елемента, трябва да търсите {http://www.copasi.org/static/schema}Constant елемента.

Вижте http://lxml.de/tutorial.html#namespaces.

Ето как можете да го направите, като използвате XPath вместо findall:

from lxml import etree

NSMAP = {"c": "http://www.copasi.org/static/schema"}

parsed = etree.parse('ct.cps')

for a in parsed.xpath("//c:Constant", namespaces=NSMAP):
    print a.attrib["key"]

Вижте http://lxml.de/xpathxslt.html#namespaces-and-prefixes.

Първо, моля, не обръщайте внимание на коментара ми. Оказва се, че xml.etree е много по-добър от стандартния xml.etree.ElementTree, тъй като се грижи за пространството от имена. Проблемът, който имате, е, че искате да търсите '//Constant', което означава, че възлите могат да бъдат на всяко ниво. Основният елемент обаче не ви позволява да го направите:

>>> root.findall('//Constant')
SyntaxError: cannot use absolute path on element

Можете обаче да направите това на по-високо ниво:

>>> parsed.findall('//Constant')
[<Element Constant at 0x10a7ce128>, <Element Constant at 0x10a7ce170>]

Актуализация

Публикувам тук пълния текст. Тъй като нямам пълния ви XML файл, измислям нещо, за да попълня празното място.

from lxml import etree as ET
from StringIO import StringIO

xml_text = """<?xml version='1.0' encoding='utf-8' ?>

<rdf:root  xmlns:rdf='http://foo.bar.com/rdf'>
<rdf:RDF>
  <rdf:Description>
    DescriptionX
  </rdf:Description>
</rdf:RDF>
<rdf:foo>
        <MiriamAnnotation>
          bar
        </MiriamAnnotation>
        <ListOfSubstrates>
          <Substrate metabolite="Metabolite_5" stoichiometry="1"/>
        </ListOfSubstrates>
        <ListOfModifiers>
          <Modifier metabolite="Metabolite_9" stoichiometry="1"/>
        </ListOfModifiers>
        <ListOfConstants>
          <Constant key="Parameter_4344" name="Kcat" value="433.724"/>
          <Constant key="Parameter_4343" name="km" value="479.617"/>
        </ListOfConstants>
</rdf:foo>
</rdf:root>
"""

buffer = StringIO(xml_text)
tree = ET.parse(buffer)
for constant_node in tree.findall('//Constant'):
    print constant_node.attrib['key']

Не използвайте findall. Той има ограничен набор от функции и е проектиран да бъде съвместим с ElementTree.

Вместо това използвайте xpath, който поддържа пространства от имена. От горното изглежда, че вероятно искате да кажете нещо подобно

# possibilities, you need to get these right...
ns_dict = {'atom':"http://www.w3.org/2005/Atom",,
    "rdf":"http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#" }

root = parsed.getroot()    
for a in root.xpath('.//rdf:Constant', namespaces=ns_dict):
    print a.attrib['key']

Обърнете внимание, че трябва да включите префикс на пространство от имена във вашия xpath израз, когато даден елемент има непразно пространство от имена, и те трябва да се съпоставят с един от URL адресите на пространството от имена, които съответстват на същите URL адреси във вашия документ.

Актуализация

Тъй като публикувахте оригиналния си документ, виждам, че няма пространство от имена, присвоено на елементите, които търсите. Това ще работи, току-що го опитах с вашия изходен документ:

for a in tree.xpath("//Constant"):
    print a.attrib['key']

Не се нуждаете от пространство от имена, защото в самия документ няма указано пространство от имена по подразбиране.