Имам йерархични клъстерни обекти hclust със стотици възли и дълги етикети. Например синоними на множество гени в едно семейство. Виж отдолу.
Бих искал да нарежа hclust на по-малки поддървета и след това да ги визуализирам с гъвкави стилове. Следвайки http://gastonsanchez.com/blog/how-to/2012/10/03/Dendrograms.html, виждам как да изрежа дендрограми и да очертая красиви филогенни дървета на маймуни.
Просто не виждам никакъв метод за конвертиране на изрязаните дендрограми във фило обекти.
> as.phylo(as.dendrogram(hc))
Error in UseMethod("as.phylo") :
no applicable method for 'as.phylo' applied to an object of class "dendrogram"
Отворен съм за всеки метод, който би изобразил кръгли или вертикално ориентирани поддървета.
Всъщност моята цел е да открия визуално модели в синонимите на гените, така че да мога да напиша нещо като мустаци шаблони за тях, така че дори съм отворен за решения, които не включват дендрограми. Има няколко SO публикации за подравняване на множество последователности на обикновен текст, но те ми надминават главата.
> receptor.synonyms
synonym
1 alpha1B-adrenergic receptor
2 B1AR
3 adrenergic receptor, alpha 2a
4 beta 3-AR
5 alpha-2AAR
6 alpha2-C4
7 Adrb-1
8 Badm
9 beta 1-AR
10 Adrenergic, alpha2C-, receptor class I
11 alpha-1D adrenoceptor
12 beta 2-AR
13 adrenergic receptor
14 alpha-2A-adrenergic receptor
15 Adrenergic, alpha2B-, receptor class III
16 adrenergic, alpha 1B, receptor
17 α<sub>2</sub>-C2
18 adrenergic, alpha-1A-, receptor
19 ADRARL1
20 alpha-1B adrenoceptor
--- snip ---
receptor.synonyms
доhc
? - person jeremycg   schedule 12.08.2015as.phylo(hc)
и той трябва да работи добре - person jeremycg   schedule 12.08.2015the.dend <- as.dendrogram(hc)
и след това искам да:plot(as.phylo(cut(the.dend, h = 45)$lower[[2]]))
- person Mark Miller   schedule 12.08.2015as.phylo
и да пуснете оттам - вижтеape::drop.tip()
- person jeremycg   schedule 12.08.2015