където мога да променя това глупаво форматиране, разгледах всички опции в Editor/Format, но не намерих нищо полезно! Когато току-що написах блок за коментари: 
и когато натисна SHIFT+ALT+F или Source/Format в блока за коментари в менюто се срива и цялата красота на коментара на phpDoc е унищожена :(
Тъй като се опитвате да поставите phpDoc блок в средата на кода, смятам, че NetBeans ви дава някаква комбинация от Начален отстъп и Продължаващ отстъп (намерени в Инструменти|Опции |Редактор|Форматиране, където език = PHP и категория = раздели и отстъпи).
Истинският проблем е, че коментарите на docblock не се намират в потока на кода. Разгледайте страницата с ръководство на phpDocumentor за документируеми елементи. Коментарите на Docblock трябва да са на много специфични места, например преди функции, преди дефиниции на класове, преди изрази за дефиниране и т.н.
Във вашия случай, ако приемем, че блокът try-catch е във функция, тогава @todo ще отиде в docblock, който се появява точно преди функцията.
Като алтернатива можете да превключите към стила на коментар „едноредов“, напр.
// @todo - Fix something with the next line
но това няма да бъде взето в phpDoc. (Всъщност, във вашия пример с docblock в потока на кода, не съм толкова сигурен, че phpDocumentor също ще вземе това.) В допълнение, той ще бъде отстъпен поне на едно ниво от оператора try, тъй като се появява в рамките на блока.
