Това е проблем с вашата инсталация на RedHat, която избра да разчита на вътрешните източници на LAPACK за R, когато инсталира R --- плюс факта, че RcppArmadillo използва всичко, което R използва.

На моята машина, базирана на Debian/Ubuntu, това се случва по различен начин. Т.е за

R> library(Rcpp)
R> cppFunction("arma::mat foo(arma::mat x) { return x + x;} ", depends="RcppArmadillo", verbose=TRUE)

получавам (между другото)

g++ -Wl,-S -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions \
    -Wl,-z,relro -o sourceCpp_4.so file677111d81351.o \
    -fopenmp -llapack -lblas -lgfortran -lm -lquadmath \
    -L/usr/lib/R/lib -lR

и виждаме -llapack -lblas -lgfortran както се очаква.

Инструкции за компилиране на R, OpenBLAS и свързване на R с OpenBLAS (GNU/Linux)

Вярвам, че най-големият ви проблем е свързването на R с библиотеката OpenBLAS. Така че стъпките, които пиша по-долу, могат да ви помогнат да успеете в тази връзка.

Компилиране на OpenBLAS

Първоначално изтеглете изходните кодове R и OpenBLAS(Open Optimized BLAS Library) в OpenBLAS. Във файловата директория изпълнете следните стъпки.

tar -zxvf OpenBLAS*
cd OpenBLAs*
make -j $nproc
sudo make install
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/OpenBLAS/lib/

or

git clone https://github.com/xianyi/OpenBLAS.git
cd OpenBLAS*
make -j $nproc
sudo make install
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/OpenBLAS/lib/

Забележка: Това ще направи компилацията по-бърза, като използва всички функции на вашия процесор. За да разберете броя на ядрата, направете: nproc.

Компилиране на Armadillo C++ с OpenBLAS

За тези, които използват C++ кодове в R с помощта на библиотеката Rcpp, настройка на Armadillo с Библиотеката OpenBLAS може да е от полза.

tar -xvf armadillo*
cd armadillo*
./configure -DCMAKE_PREFIX_PATH=/opt/OpenBLAS/lib/
cmake . -DCMAKE_PREFIX_PATH=/opt/OpenBLAS/lib/
make -j $nproc
sudo make install

Забележка: Допълнителни подробности относно компилирането на библиотеката Armadillo можете да намерите на https://gitlab.com/conradsnicta/armadillo-code.

Компилиране на R с OpenBLAS

След като компилирате OpenBLAS, изтеглете кода R. Не е необходимо да се компилира R, за да се използва OpenBLAS, но компилирането на езика може да донесе някои ползи, които може да са незначителни в зависимост от това какво се прави в R . По този начин изтеглете изходния код на езика R.

Забележка: В моята операционна система Arch Linux, OpenBLAS) беше инсталиран в директорията /opt. Потърсете инсталационната директория на OpenBLAS във вашата GNU/Linux дистрибуция.

В директорията, където е изтеглен R, направете следното:

tar -zxvf R*
cd R-* && ./configure --enable-R-shlib --enable-threads=posix --with-blas="-lopenblas -L/opt/OpenBLAS/lib -I/opt/OpenBLAS/include -m64 -lpthread -lm"
make -j $nproc
sudo make install

Най-вероятно библиотеката OpenBLAS ще бъде обвързана с R. За да проверите, стартирайте в R кода sessionInfo(). Трябва да се появи нещо като резултата по-долу:

Matrix products: default
BLAS/LAPACK: /opt/OpenBLAS/lib/libopenblas_haswellp-r0.3.6.dev.so

Ако свързването не се случи, следвайте стъпките, описани в кода по-долу.

Трябва да свържем R с файла libopenblas_*, създаден в процеса на компилиране на библиотеката OpenBLAS. В моя случай файлът е ibopenblas_haswellp-r0.2.20.so. Потърсете това в /opt/OpenBLAS/lib или в директорията, където OpenBLAS е инсталиран на вашата GNU/Linux система. Потърсете и файловата директория libRblas.so, намираща се в R езикова инсталационна директория. В Arch тази директория е /usr/local/lib64/R/lib.

cd /usr/local/lib64/R/lib
mv libRblas.so libRblas.so.keep
ln -s /opt/OpenBLAS/lib/libopenblas_haswellp-r0.2.20.so libRblas.so

Matrix products: default
BLAS/LAPACK: /opt/OpenBLAS/lib/libopenblas_haswellp-r0.3.6.dev.so