Как да поправите повредена конфигурация на Ruby

Използвам MacOs High Sierra 10.13.6. bundle install вече не работи. Използвах бандлера, за да управлявам бързи ленти от години на тази машина. Наскоро инсталирах друг софтуер и предполагам, че направих грешка и развалих конфигурацията.

Имам следния Gemfile:

източник "https://rubygems.org"

gem 'fastlane', '2.120.0'
gem 'aws-sdk', '2.10.8'
gem 'awscli', '0.2.8'
gem 'rake', '12.0.0'
gem 'danger', '5.4.3'

plugins_path = File.join(File.dirname(__FILE__), 'fastlane', 'Pluginfile')
eval(File.read(plugins_path), binding) if File.exist?(plugins_path)

Когато се опитам да стартирам bundle install получавам грешката:

ГРЕШКА: не може да открие къде се намира libxml2 във вашата система. моля, уверете се, че pkg-config е инсталиран.

Възникна грешка при инсталирането на nokogiri (1.8.2) и Bundler не може да продължи. Уверете се, че gem install nokogiri -v '1.8.2' --source 'https://rubygems.org/ ' успее преди групирането.

ако тичам:

gem install nokogiri -v '1.8.2'

or

gem install nokogiri -v 1.8.2 -n /usr/local/bin -- --use-system-libraries

Получавам грешката:

ГРЕШКА: При изпълнение на gem ... (Errno::EACCES) Разрешението е отказано @ rb_sysopen - /Library/Ruby/Gems/2.3.0/gems/nokogiri-1.8.2/.autotest

Опитах се да променя разрешението на папката и стартирах:

gem install pkg-config -n /usr/local/bin -- --use-system-libraries
gem install nakogiri -v 1.8.2 -n /usr/local/bin -- --use-system-libraries

Както беше предложено от едно от съобщенията за грешка, които също стартирах:

bundle config build.nokogiri --use-system-libraries

В този случай тези команди са успешни, но bundle install все още се проваля със същата грешка.