Алгоритъмът за сегментиране на RandomWalker води до сегментиране, същото като първоначалните семена

  • Имам медицинско изображение и се опитвам да сегментирам конкретна зона вътре.
  • След няколко стъпки на конвенционална обработка на изображения, успях да намеря региона и успях да получа семената за сегментирането, но когато се опитам да приложа алгоритъм RandomWalker, не получавам добро сегментиране.
  • можете ли да ми кажете какъв е проблемът тук и как да го коригирам?

CT

Изход

код:

# import math
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
import cv2 as cv
from skimage.feature import canny
from skimage.transform import hough_circle, hough_circle_peaks
from skimage.draw import circle_perimeter
from skimage.segmentation import watershed, random_walker, active_contour
import skimage.filters as filters

# Read image
img = cv.imread("CT.png")

# Get image center coordinates
img_center = (img.shape[0]//2, img.shape[1]//2)

# Edge detector
edges = canny(img, sigma=2.0, low_threshold=19, high_threshold=57)

# Hough_circle
hough_radii = np.arange(29, 32, 1)
hough_res = hough_circle(edges, hough_radii)
accums, cx, cy, radii = hough_circle_peaks(hough_res, hough_radii,total_num_peaks=4, min_xdistance=70,min_ydistance=200, threshold=0.25)

# Remove false-posite circle
sortX = np.argsort(cx)
cx = cx[sortX[:-1]]
cy = cy[sortX[:-1]]
radii = radii[sortX[:-1]]

#--------------------------------------
# get the closest circle to the centre 
#--------------------------------------
dist = []
for idx in range(len(cx)):
    dist.append(abs(img_center[1]-cx[idx])+abs(img_center[0]-cy[idx]))
sortD = np.argsort(dist)
Cx = cx[sortD[0]]
Cy = cy[sortD[0]]
radius = radii[sortD[0]]

markers = np.ones(img.shape, dtype=np.uint)
markers[img==0] = 0
markers[Cy-radius//2:Cy+radius//2, Cx-radius//2:Cx+radius//2] = 2
# markers[(Cy-radius//2)+1:(Cy+radius//2)-1, (Cx-radius//2)+1:(Cx+radius//2)-1] = 0
#---------------------------------
labels = random_walker(img, markers)

# print(labels.shape)
# Plot results
fig, (ax1, ax2, ax3) = plt.subplots(1, 3, figsize=(8, 3.2),
                                    sharex=True, sharey=True)
ax1.imshow(img, cmap='gray')
ax1.axis('off')
ax1.set_title('Noisy data')
ax2.imshow(markers, cmap='magma')
ax2.axis('off')
ax2.set_title('Markers')
ax3.imshow(labels, cmap='gray')
ax3.axis('off')
ax3.set_title('Segmentation')

fig.tight_layout()
plt.show()
#======================================

person Bilal    schedule 24.10.2020    source източник


Отговори (1)


Произволният ходил само разширява етикетите от маркерите в регионите с етикет 0. Завършвате с изображение, съдържащо само единици навсякъде с изключение на 2 в оригиналния квадрат. Това е така, защото етикетът 2 няма къде да се разшири: той е заобиколен от 1s.

Успях малко да променя сегментирането, като използвах:

border = 71
surround = (
    (dilation(markers, np.ones((border, border))) == 2)
    ^ (markers==2)
)
markers[surround] = 0
labels = random_walker(img, markers) * (img != 0)

фигура за сегментиране

Определено все още не е перфектно. Освен това ще трябва да си поиграете с размера на рамката, както и с параметрите beta= и tol= на random_walker.

person Juan    schedule 26.10.2020
comment
моля, добавете пътя за импортиране към набиране - person Golden Lion; 29.07.2021
comment
когато стартирам кода, той създава кутия в основата на черепа. виж отдолу - person Golden Lion; 29.07.2021