tidyr::pivot_longer идва с :Грешка: Не мога да комбинирам `TSPAN6` ‹character› и `MT-CO2` ‹double›

Опитвам се да използвам функцията pivot_longer, за да конвертирам дълъг ред от идентификатори на гени в по-дълга колона. Използвам следния код:

file1 <- file1 %>%
  tidyr::pivot_longer(cols = -Gene.ID, names_to = "tissue", values_to = "counts")

и получавам следната грешка:

Error: Can't combine `TSPAN6` <character> and `MT-CO2` <double>.

Мисля, че трябва да задам по подразбиране колоните да бъдат знаци, но не съм сигурен как да го направя, без също да засегна стойностите в колоната. Всякакви идеи са добре дошли!


r dplyr tidyr
person British Bioinformatician    schedule 29.10.2020    source източник
comment
Превърнете колоната в знак и след това вземете данни в дълъг формат. file1 %>%mutate(`MT-CO2` = as.character(`MT-CO2`)) %>%tidyr::pivot_longer(......)   -  person Ronak Shah    schedule 29.10.2020
comment
Благодаря за отговора, мисля, че има няколко колони в тези данни, които имат същия проблем и може да отнеме известно време, за да ги редактирате. Има ли някакъв начин за промяна на целия ред от имена на гени към знак по подразбиране?   -  person British Bioinformatician    schedule 29.10.2020
comment
За да превърнете всички колони в знаци, опитайте file1 %>%mutate_all(as.character) %>%tidyr::pivot_longer(......)   -  person Ronak Shah    schedule 29.10.2020
comment
Това отне твърде много време, за да работи, така че мисля, че прави целия файл   -  person British Bioinformatician    schedule 29.10.2020
comment
Моля, добавете данни, като използвате dput или нещо, което можем да копираме и използваме. Прочетете за как да зададете добър въпрос и как да се даде възпроизводим пример.   -  person Ronak Shah    schedule 29.10.2020
comment
Опитвам се да направя таблица, но файлът е масивен и се боря да го приведа в четим формат   -  person British Bioinformatician    schedule 29.10.2020
comment
Ако знаете как да споделяте файл, мога ли да го направя?   -  person British Bioinformatician    schedule 29.10.2020
comment
Предоставете примерни данни: dput(head(mydata))   -  person zx8754    schedule 29.10.2020
comment
Моите редове са с дължина около 10 000, така че главата просто ще замръзне лаптопа ми   -  person British Bioinformatician    schedule 29.10.2020
comment
Тогава можеш ли поне да покажеш str(mydata)?   -  person ekoam    schedule 29.10.2020
comment
.. AC018529.3 = col_character(), .. AL049776.1 = col_character(), .. Z82170.1 = col_character(), .. AC105114.1 = col_character(), .. AP000542.2 = col_character(), .. AL513497.1 = col_character(), .. AC135584.1 = col_character(), .. AC135068.4 = col_character(), .. AC005915.1 = col_character(), .. AL118508.4 = col_character(), .. ENSG00000279448 = col_character(), .. AC006277.1 = col_character(), .. Z99129.4 = col_character(), .. AP003499.3 = col_character()   -  person British Bioinformatician    schedule 29.10.2020
comment
Това е част от моя низ, но продължава известно време   -  person British Bioinformatician    schedule 29.10.2020

Отговори (1)


arrow_upward
0
arrow_downward

Накарах го за работа с:

file1[, ] <- sapply(file1[, ], as.character)
person British Bioinformatician    schedule 29.10.2020