Непълни данни от поток

Чета данни от процесен поток. По принцип изпълнявам процеса с помощта на API на Runtime.exec и получавам входния поток на процеса.

Runtime rt = Runtime.getRuntime();
process = rt.exec("C:/cygwin/home/grec.exe");
InputStream is = process.getInputStream();

След това събирам резултата от процеса като --

            BufferedReader in = new BufferedReader(is);         
            char[] ls = new char[s.available()];
            ls.read(ls);
            String output = new String(ls);

Въпреки това, когато отпечатвам изходния низ, получавам --

  break [loc]     Add a breakpoint at [file:]line or template
  callflow [val]  Enable call flow tracing
  next            Execute the over instruction, stepping over calls
  over            Execute the current instruction hierarchy

Но действителният резултат е...

  break [loc]     Add a breakpoint at [file:]line or template
  callflow [val]  Enable call flow tracing 
  next            Execute the over instruction, stepping over calls
  over            Execute the current instruction hierarchy
  print <xpath>   Print the value of an XPath expression
 profile [val]   Turn profiler on or off
 reload          Reload the script contents
 run             Restart the script
 step            Execute the next instruction, stepping into calls
 verbose         Turn on verbose (-v) output logging
 where           Show the backtrace of template calls
 quit            Quit debugger

Тоест, част от изхода се съкращава, но не се хвърля изключение от кода. Опитах да увелича размера на BufferedReader и също така да увелича размера на масива ls. Затруднявам се да намеря причината за това поведение. Всякакви съвети или насоки за това каква може да е причината за това ще бъдат високо оценени.