Публикации по теме 'bioinformatics'
Разгадка кода природы: путешествие через биоинформатику
Представьте себе, что вы попадаете в мир, где строительные блоки жизни, ДНК, колеблются в замысловатом танце с данными. Это увлекательный мир биоинформатики и геномики, где слияние науки и технологий породило революцию открытий. Присоединяйтесь к нам в путешествии по этому увлекательному ландшафту, пока мы исследуем гармоничные отношения между данными и ДНК, руководствуясь ритмичными ритмами R, Python и поучительным прикосновением идей, основанных на искусственном интеллекте.
Сложная..
Стать биоинформатиком
Прямо в самый конец.
Введение в биоинформатику с использованием Perl
Эта первая неделя была бурной. Я только начал учиться на магистратуре Прикладная биоинформатика в Университете Крэнфилда . В течение часа после того, как мы сели, мы сталкиваемся с черным экраном и белым текстом командной строки и получаем команду начать программирование.
К счастью, когда мы начали, нам дали что-то среднее между введением и предупреждением; здесь нет сочинений и очень мало лекций, цель игры -..
Что не так с десмоидной опухолью пациента X? (4/4)
Фон
В последних 3 сообщениях я говорил об извлечении информации о генах из журнала с использованием ключевых слов «десмоид» и «фиброматоз» и путей из базы данных KEGG. Если вы пропустили предыдущие 3 сообщения, вы можете найти их ниже.
Что не так с десмоидной опухолью пациента X? (1/4) Что-то не так medium.com
Канал Изменить описание medium.com
Канал..
Вопросы, которые вы должны задать компаниям, занимающимся разработкой лекарств на основе ИИ
Проблемы, с которыми сталкиваются компании, разрабатывающие лекарства на основе ИИ
Когда я впервые услышал, что предпринимаются усилия по открытию лекарств с помощью методов машинного обучения, я был так воодушевлен мыслью о том, что ИИ может предложить новые лекарственные соединения, что я сразу же надел шляпу специалиста по данным, готовый применить какой-нибудь крутой метод глубокого обучения . »ы (особенно ГАН, признаюсь :-) в этой области. Несмотря на мое хорошее настроение, вскоре..
О мудрости толпы: коллективная прогнозная аналитика
«Всякая великая ложь имеет зерно истины» (Джеймс Коттрелл, личное сообщение, 2004 г.). В 1907 году сэр Фрэнсис Гальтон (1855–1911) - британский статистик, чьи исследования были сосредоточены на человеческом интеллекте и который также был двоюродным братом Чарльза Дарвина, - заметил это на фестивальном конкурсе в Корнуолле, где люди пытались угадать вес быка, среднее значение всех предположений неизменно близко к фактическому весу быка (Galton, 1907; Ball, 2014; Gega, 2000). Автор Джеймс..
Полное руководство по линейной регрессии с использованием данных об экспрессии генов: оценка соответствия и алгоритма
Во втором уроке я покажу, как подобрать модель линейной регрессии для прогнозирования острого миелоидного лейкоза и как оценить результаты. Кроме того, я буду обсуждать графики для исследования результатов алгоритма и решения наиболее распространенных проблем.
Вы можете найти здесь предыдущий урок: здесь
Подбор простой модели линейной регрессии
Давайте начнем с определения нашей входной переменной (X) и нашей зависимой переменной. В этом случае мы хотим оценить значение MYC,..
Вопросы по теме 'bioinformatics'
Выполнение поиска BLAST/SmithWaterman непосредственно из моего приложения
Я работаю над небольшим приложением и думаю об интеграции BLAST или других локальных поисков выравнивания в свое приложение. Мой поиск выдал только программы, которые нужно установить и вызвать как внешнюю программу.
Есть ли способ, которым я не...
1322 просмотров
schedule
04.12.2023
Как я могу извлечь начальный и конечный кодоны из последовательностей ДНК в Perl?
У меня есть код ниже, который пытается определить положение начального и конечного кодона заданных последовательностей ДНК. Мы определяем стартовый кодон как последовательность ATG и конечный кодон как последовательности TGA,TAA,TAG .
У...
5306 просмотров
schedule
13.01.2024
Как выполнить базовое выравнивание нескольких последовательностей в R?
(Я пытался задать этот вопрос на BioStars , но из-за небольшого шанса, что кто-то из текстовых майнинг подумал бы, что есть лучшее решение, я также размещаю это здесь)
Задача, которую я пытаюсь решить, состоит в том, чтобы выровнять несколько...
14898 просмотров
schedule
19.04.2024
Perl Скрипт для поиска мотива в файле multifasta и печати полной последовательности вместе со строкой заголовка
Я могу найти мотив в файле multi fasta и напечатать строку, содержащую мотив.... но мне нужно напечатать все последовательности вместе со строкой заголовка мотива, содержащего последовательность fasta. Пожалуйста, помогите мне, я только новичок в...
3798 просмотров
schedule
14.09.2022
C++ - вывести все возможные ДНК-кмеры заданной длины
«Кмер» — это последовательность ДНК длиной K. Действительная последовательность ДНК (для моих целей) может содержать только 4 следующих основания: A, C, T, G. Я ищу алгоритм C++, который просто выводит все возможные комбинации этих баз в алфавитном...
4755 просмотров
schedule
17.10.2022
Различные инструменты взрыва
В настоящее время я ищу коммерческие и некоммерческие взрывные инструменты. Я несколько раз использовал NCBI blast для своих местных поисков взрыва, но теперь я ищу интересные альтернативы. Во время поиска я нашел несколько интересных результатов,...
235 просмотров
schedule
25.02.2024
Perl: найти максимальное значение хеша и вычислить средние значения
После большого перерыва примерно в 6 месяцев я вернулся в мир Perl и биоинформатики, пройдя стажировку у другого ученого. Но самое первое задание не похоже ни на одно из тех, с которыми я сталкивался в прошлый раз, поэтому, хотя я и добился...
1915 просмотров
schedule
26.03.2024
Python - Кластеризация с помощью K-средних. Некоторые столбцы с нулевой дисперсией
У меня есть набор данных, состоящий из ~ 200 массивов частот 99x20, где сумма каждого столбца равна единице. Я построил их с помощью тепловых карт, например . Каждый массив довольно разрежен, только около 1-7 / 20 значений на 99 позиций отличны от...
1652 просмотров
schedule
27.01.2024
извлекать подмножества последовательностей FASTA
У меня есть файл FASTA с несколькими последовательностями, например:
> AT1G01250.1 | Symbols: | Integrase-type DNA-binding superfamily protein
MSPQRMKLSSPPVTNNEPTATASAVKSCGGGGKETSSSTTRHPVYHGVRKRRWGKWVSEI...
720 просмотров
schedule
21.11.2022
ДНК с обратным комплементом
У меня есть это уравнение для обратного дополнения ДНК в питоне:
def complement(s):
basecomplement = {'A': 'T', 'C': 'G', 'G': 'C', 'T': 'A'}
letters = list(s)
letters = [basecomplement[base] for base in letters]
return...
10809 просмотров
schedule
03.12.2023
Плагин fiji: исключение imgOpener (класс scifio)
Я использую Фиджи впервые, мне нужно открыть изображение как FloatType, поэтому я следовал примеру, найденному здесь http://fiji.sc/wiki/index.php/ImgLib2_Examples#Example_1b_-_Opening_an_ImgLib2_image , но я получаю эту ошибку:
WARN: Ignoring...
348 просмотров
schedule
06.12.2023
Как создать набор данных, используя файл последовательности в python
У меня файл последовательности белка выглядит так:
>102L:A MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL...
653 просмотров
schedule
07.04.2024
Обратное дополнение цепи ДНК с использованием Python
У меня есть последовательность ДНК, и я хотел бы получить ее обратное дополнение с помощью Python. Он находится в одном из столбцов файла CSV, и я хотел бы написать обратное дополнение к другому столбцу в том же файле. Сложность в том, что есть...
62306 просмотров
schedule
19.11.2022
Может ли кто-нибудь помочь мне понять и решить эту ошибку?
Я хотел бы построить график распределения расстояний связи от alpha-cabon до nitrogen белка убиквитина. Поэтому я скачал 1UBQ.pdb с веб-сайта RCSB . Теперь, используя biopython , я пытаюсь найти расстояния между всеми связями от...
1611 просмотров
schedule
14.06.2024
Matlab: запрос всех координат азота в файле pdb?
Я пытался извлечь координаты азота из белка убиквитина. У меня есть файл 1UBQ.pdb с http://rcsb.org/pdb/home/home.do веб-сайт. Я сделал следующее.
pdb1 ='/home/devanandt/Documents/VMD/1UBQ.pdb';
x=pdbread(pdb1)
y=x.Model.Atom
Переменная...
284 просмотров
schedule
11.11.2022
Ошибка базы данных BLAST: для базы данных нуклеотидов не найден псевдоним или индексный файл.
Я пытаюсь запустить blastn, а затем также автономный SIFT. Однако у меня возникают проблемы с конфигурацией базы данных, поскольку я получаю следующее:
arron@arron-Ideapad-Z570 ~/Phd/programs/sift4.0.3b $ blastn -query test/lacI.fasta -db...
13091 просмотров
schedule
19.10.2022
Создание хэша с ключами и значениями, выбранными между точками в строке
Я получаю следующий результат из моего кода ниже.
Например, если $seq установлено в aaaGACGTCaaaGAATTCaaaGACGTCaaa :
RE: AatII
GACGTC found at 4-9
GACGTC found at 22-27
RE: EcoRI
GACGTC found at 4-9
GACGTC found at 22-27
GAATTC found...
88 просмотров
schedule
15.05.2024
Более элегантное вычисление zscore различий столбцов в Pandas
У меня есть n x m DataFrame, измеряющий экспрессию n генов в m областях. Я хочу подсчитать количество генов, дифференциально выраженных между всеми парами областей.
Area Area
Gene A B C...
487 просмотров
schedule
04.11.2022
Найти подстроку ключей Trie
Кажется, это должно быть общей проблемой, но я не могу найти ничего, что точно соответствовало бы моим потребностям.
У меня есть 2 файла последовательности (fasta). Один представляет собой сборку другого, поэтому я хотел бы создать дерево...
508 просмотров
schedule
12.03.2024
R hclust -> дендрограмма -> фило?
У меня есть иерархические кластерные объекты hclust с сотнями узлов и длинными метками. Например, синонимы нескольких генов в семье. Увидеть ниже.
Я хотел бы разрезать hclust на более мелкие поддеревья, а затем визуализировать их с помощью...
1454 просмотров
schedule
29.04.2024
