Вопросы по теме 'mpi'
Как отлаживать программу MPI?
У меня есть программа MPI, которая компилируется и запускается, но я хотел бы пройти через нее, чтобы убедиться, что ничего необычного не происходит. В идеале мне нужен простой способ присоединить GDB к какому-либо конкретному процессу, но я не...
94852 просмотров
schedule
27.01.2024
Выполнение поиска BLAST/SmithWaterman непосредственно из моего приложения
Я работаю над небольшим приложением и думаю об интеграции BLAST или других локальных поисков выравнивания в свое приложение. Мой поиск выдал только программы, которые нужно установить и вызвать как внешнюю программу.
Есть ли способ, которым я не...
1322 просмотров
schedule
04.12.2023
Отправить массив mpz_t через mpi
Я использую libgmp (GMP) для работы с очень длинными целыми числами, хранящимися как mpz_t : http://gmplib.org/manual/Integer-Internals.html#Integer-Internals
mpz_t переменные представляют целые числа с использованием знака и величины в...
1528 просмотров
schedule
21.05.2024
Странные двойные значения, появляющиеся при обмене данными MPI - проблемы с памятью?
Это действительно продолжение этого вопроса. , так как я думаю, что решил проблему, заданную в исходном вопросе, но теперь есть некоторые другие проблемы.
У меня есть код MPI, который выполняет транспонирование матрицы. Это делается через...
122 просмотров
schedule
10.06.2024
Вопрос о параллельном цикле в MPI
Привет, у меня есть короткий вопрос об openmpi в фортране: у меня есть такой код:
I) definitions of vars & linear code, setting up some vars for later usage
II) a while loop which works like that in pseudocode:
nr=1
while(true)
{...
4745 просмотров
schedule
31.01.2024
Чтение одномерного набора данных соединений HDF5 в структуре C параллельно
У меня есть очень простой составной набор данных, около 1 миллиона строк составного типа данных:
1 длинная, 3 двойных.
Я хотел бы прочитать его параллельно с MPI, используя коллективный вызов, равномерно распределенный по всем процессорам....
393 просмотров
schedule
17.11.2023
Эффективно обновляйте идентичный массив для всех задач с помощью MPI
Я хотел бы повысить эффективность кода, который включает обновления каждого значения массива, который идентичен на всех процессорах, работающих с MPI. Основная структура, которую я сейчас имею, - это запоминать фрагменты данных в локальном массиве на...
252 просмотров
schedule
05.12.2022
эффективное одностороннее общение
Я ищу эффективную одностороннюю коммуникационную библиотеку, которую можно использовать для эффективной реализации RDMA.
В настоящее время я рассмотрел реализации MPI-2, такие как MPICH2, а также MVAPICH2 (реализация MPI-2 на основе архитектуры...
570 просмотров
schedule
07.12.2023
Взаимодействуйте с двоичным файлом MPI через (не-MPI) скрипт Python
Я хотел бы каким-то образом инициировать выполнение определенных функций программы MPI (написанной на C++) с помощью, например, (последовательного) скрипта Python . Этот скрипт Python должен запускать программу mpi в начале, например,...
1991 просмотров
schedule
26.10.2022
Как получить доступ к MySQL из программы MPI (используйте MPICH2)?
У меня есть огромная база данных (СУБД = MySQL), к которой я обращаюсь из программы MPI (используя MPICH2). В этой программе я просто хочу знать о времени выполнения sql-запроса. Это ссылка на мою другую параллельную программу.
Когда код...
986 просмотров
schedule
25.02.2024
ранг в MPI_Bcast
MPI_Bcast(void *buffer, int count, MPI_Datatype datatype, int root, MPI_Comm comm)
Эта функция не требует параметра ранга. Как он узнает ранг каждого процесса?
Мы должны вызывать MPI_COMM_RANK() перед трансляцией, хранит ли какая-либо...
1720 просмотров
schedule
12.04.2024
отправить сообщение mpi из кода С++ в код fortran 90
Я пытаюсь посмотреть, могу ли я отправить содержимое массива в коде С++ в код fortran 90. Я использую openmpi 1.4.3, созданный с использованием компиляторов Intel 11.1.072. Они установлены в Linux версии 2.6.18-108chaos (mockbuild@chaos4builder1)...
1115 просмотров
schedule
03.12.2022
Есть ли причины, по которым следует использовать Wtime MPI?
Мне было интересно, есть ли какие-то особые причины, по которым следует использовать Wtime вместо других методов измерения времени? Это точнее или надежнее?
Единственная причина, которую я вижу, это независимость от платформы.
1183 просмотров
schedule
01.12.2023
MPI_Barrier не работает должным образом в Ubuntu
Я новичок в использовании MPI. Здесь я написал очень простую программу для проверки работоспособности MPI. Вот мой hello.c:
#include <stdio.h>
#include <mpi.h>
int main(int argc, char *argv[]) {
int numprocs, rank, namelen;
char...
2161 просмотров
schedule
27.11.2022
Совместимы ли OpenMPI и MPICH2?
Я использую OS X и Bash. Я пытаюсь запустить программу в двух системах, на хосте установлен OpenMPI 1.6.4, а на другом узле — MPICH2. Я сталкиваюсь с проблемами, и это мой первый раз, когда я использую какую-либо реализацию MPI, поэтому я не знаю,...
819 просмотров
schedule
22.01.2024
Моментный вложенный/последовательный вызов qsub
У меня есть скрипт задания compile.pbs , который работает на одном процессоре и компилирует исходный код для создания исполняемого файла. Затем у меня есть второй сценарий задания jobscript.pbs , который я вызываю, используя 32 ЦП для запуска этого...
1116 просмотров
schedule
13.12.2023
HPC Boot Strapper — ошибка — отключена среда выполнения SOA — установка манифеста ETW
Я пытаюсь отключить SOA из примера проекта Azure HPC. Я удалил строку config.EnableSOA, как указано в http://msdn.microsoft.com/en-us/library/hh674347(v=vs.85).aspx Это приводит к сбою hpcbootstrapepr и неправильному запуску планировщика заданий...
97 просмотров
schedule
04.12.2023
MPI4Py вызывает ошибку при отправке/получении
Может ли кто-нибудь сказать мне, почему этот минимальный рабочий пример (MWE) жалуется на TypeError: expected a writeable buffer object ?
MWE:
#!/usr/bin/env python
from mpi4py import MPI
# MPI Initialization
rank =...
3275 просмотров
schedule
04.11.2022
создание типа данных, производного от mpi, содержащего структуру с указателем
У меня есть структура, которая определена примерно так:
typedef struct NodeItem {
int* data;
int info1;
int info2;
struct NodeItem* next;
} *Node;
Мне нужно отправить эту структуру в другой процесс MPI. Я знаю, что должен использовать...
831 просмотров
schedule
03.01.2024
Алгоритм вывода 3D массива
Я изо всех сил пытаюсь придумать алгоритм для вывода 3D-массива. В основном у меня есть массив из 9 2D-массивов, которые мне нужно объединить в сетку 3X3 и вывести в текстовый файл в виде матрицы. Так что я:
real:: array3D(9,16,16)
И мне...
181 просмотров
schedule
15.03.2024
